Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case)
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评估
- 难度
- 5/5
- 预计耗时
- 一周以上
- 新手友好度
- 35/100
- Issue 类型
- 功能
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 冷清
- 技术栈
- python
调研方向
No source files, tests, or entry points are named. Start by reviewing issues #482 and #480 and confirming whether SciML is the only use case; design an API for mapping-table-contributed parameters, then implement and test the validation behavior.
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Background
This issue summarises the question of whether the mapping table should be allowed to contribute additional valid entries to the parameter table. This came up during review of #482 and #480.
For currently supported model types (SBML, PySB), the assumption has been that the mapping table would not introduce additional valid parameter table entries.
However, Petab-SciML requires this kind of mapping table contribution. For example, a network parameter group net1.parameters could be assigned a PEtab ID (e.g. net_ps) in the mapping table, and that ID would then appear in the parameters table with its bounds and priors. In this case, the mapping table does need to feed into parameter table validation.
Open questions
- Are SciML problems the only use case where mapping table entries need to be treated as valid parameter table parameters?
- What API would be needed to validate parameters contributed by the mapping table?
- A SciML specific
ValidationTaskis one option
- A SciML specific
Next steps
- Confirm whether SciML is the only use case for this requirement
- Design the API to support it
- Implement and test
- 主要语言
- Python
- 星标
- 18
- 派生
- 9
- 平均合并
- 1 天 21 小时
- 30 天内合并 PR
- 25
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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