PEtab-dev/libpetab-python

Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data

• `petab1to2`: random column name for pre-existing `experimentId` column

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  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 82/100

  PEtab-dev/libpetab-python#568 · Aperta il 21/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• `petab_files_1to2` keeps a stale model file when converting into a non-empty output directory

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  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 73/100

  PEtab-dev/libpetab-python#566 · Aperta il 21/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• v2: Update parameter table validation for PEtab 2.0 erratum E1 (infinite bounds)

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

  PEtab-dev/libpetab-python#565 · Aperta il 21/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• v2: linter doesn't check that placeholder IDs are unique

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

  PEtab-dev/libpetab-python#555 · Aperta il 15/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• `sympify_petab` returns `Integer` for Python/numpy integers, but `Float` for numeric strings

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  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 50/100

  PEtab-dev/libpetab-python#553 · Aperta il 15/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• `petab_math_str` writes `nan` and `zoo`, which are not valid PEtab

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  PEtab-dev/libpetab-python#549 · Aperta il 15/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• v2: writing a problem reformats all math expressions, including unchanged ones

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  Difficoltà 4/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

  PEtab-dev/libpetab-python#548 · 1 commento · Aperta il 15/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• `ExperimentsToSbmlConverter`: "no priority set" warning is unreachable

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  PEtab-dev/libpetab-python#525 · Aperta il 30/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• An estimated parameter is silently dropped from the simulation mapping when the model cannot give it a value

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  PEtab-dev/libpetab-python#522 · Aperta il 22/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Condition-table override referencing a parameter with a non-numeric InitialAssignment crashes with an opaque KeyError

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  PEtab-dev/libpetab-python#519 · Aperta il 21/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Improve model abstractions

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  PEtab-dev/libpetab-python#518 · Aperta il 7/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case)

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  v2 validation

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#494 · 1 commento · Aperta il 26/6/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Support for discrete noise distributions

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  v2

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  PEtab-dev/libpetab-python#466 · Aperta il 3/12/2025

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Add CLI for petab v1->v2 conversion

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  enhancement

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

  PEtab-dev/libpetab-python#453 · Aperta il 29/10/2025

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Add goodness-of-fit and residual plots to visualization examples

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  documentation

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

  PEtab-dev/libpetab-python#439 · Aperta il 19/9/2025

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• API for renaming PEtab entities

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  enhancement

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  PEtab-dev/libpetab-python#438 · Aperta il 19/9/2025

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Remove `v2.Problem.*_df`

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  PEtab-dev/libpetab-python#409 · Aperta il 21/7/2025

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• v2: Visualization functions

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  PEtab-dev/libpetab-python#398 · Aperta il 2/7/2025

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Document release process

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  PEtab-dev/libpetab-python#396 · Aperta il 2/7/2025

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• v2: Update validator

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  v2 validation

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  PEtab-dev/libpetab-python#369 · Aperta il 28/3/2025

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• antlr runtime version

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  PEtab-dev/libpetab-python#344 · 4 commenti · Aperta il 18/12/2024

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• `flatten_timepoint_specific_output_overrides` should not do anything if there are no timepoint-specific output parameters

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  PEtab-dev/libpetab-python#314 · Aperta il 17/10/2024

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• Add functionality for computing posteriors

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  PEtab-dev/libpetab-python#312 · 2 reazioni · Aperta il 15/10/2024

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Refactor priors

  Forse di nuovo libera @dweindl l’ha presa 739 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  PEtab-dev/libpetab-python#311 · 2 reazioni · 1 assegnatario · Aperta il 15/10/2024

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Feature to automate handling of replicate data

  Forse di nuovo libera @dilpath l’ha presa 746 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  PEtab-dev/libpetab-python#310 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 8/10/2024

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• PEtab Simulator update_parameters

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  PEtab-dev/libpetab-python#305 · 2 reazioni · Aperta il 15/8/2024

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Replace individual dataframe arguments by Problem objects

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  PEtab-dev/libpetab-python#301 · 1 reazione · Aperta il 2/7/2024

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• v2 validation: atomize checks

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  v2

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  PEtab-dev/libpetab-python#289 · 1 reazione · Aperta il 29/6/2024

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Integration of extensions

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  PEtab-dev/libpetab-python#273 · 2 commenti · Aperta il 25/6/2024

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• composite problem

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  PEtab-dev/libpetab-python#265 · 4 commenti · Aperta il 2/6/2024

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• Wrong plot_goodness_of_fit if different order of rows in measurement_df and simulation_df

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  bug visualization

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

  PEtab-dev/libpetab-python#247 · 1 commento · 2 reazioni · Aperta il 27/2/2024

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• Improve error handling in Problem.from_yaml - format_version

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  v1 validation

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  PEtab-dev/libpetab-python#217 · Aperta il 25/7/2023

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• Validator: Add option to warn about unused / non-standard columns

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  enhancement v1 validation

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  PEtab-dev/libpetab-python#128 · Aperta il 22/4/2022

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• Python API for linter

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  enhancement v1

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  PEtab-dev/libpetab-python#35 · 2 commenti · Aperta il 16/2/2021

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• False positive invalid condition ID.

  Forse di nuovo libera @dilpath l’ha presa 2174 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  PEtab-dev/libpetab-python#366 · 6 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 20/10/2020

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• single objectivePriorParameters are cast to numpy.float64

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

  PEtab-dev/libpetab-python#27 · 7 commenti · Aperta il 27/8/2020

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• writer functions do not perform sanity checks + use misleading options for writing tsv

  Aperta

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  v1

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#26 · 11 commenti · Aperta il 24/8/2020

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Should unspecified optional strings be the empty string or NaN?

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  question v1

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#25 · 4 commenti · Aperta il 18/6/2020

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Visualization of measurements without condition table and visualization table

  Forse di nuovo libera @plakrisenko l’ha presa 1629 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  v1 visualization

  PEtab-dev/libpetab-python#22 · 1 assegnatario · Aperta il 13/5/2020

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Visualization: if column 'XValues' not provided and multiple conditions should be plotted automatically

  Aperta

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  v1 visualization

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  PEtab-dev/libpetab-python#21 · 2 commenti · Aperta il 21/4/2020

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• consistent coloring of legend entries across plots

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  v1 visualization

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

  PEtab-dev/libpetab-python#18 · 1 commento · Aperta il 21/2/2020

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• xOffset for logscale xValues

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  question v1 visualization

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#17 · 1 commento · Aperta il 21/2/2020

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• BarPlots ignore xValues

  Forse di nuovo libera @plakrisenko l’ha presa 1630 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  • Già presa in carico
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  v1 visualization

  PEtab-dev/libpetab-python#16 · 6 commenti · 2 assegnatari · Aperta il 21/2/2020

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Parallelize plotting for large amounts of subplots (saved to files)

  Forse di nuovo libera @MerktSimon l’ha presa 2466 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  v1 visualization

  PEtab-dev/libpetab-python#11 · 1 reazione · 1 assegnatario · Aperta il 24/1/2020

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Implement validation CompositeProblem

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  v1 validation

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#9 · Aperta il 16/12/2019

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Add function to create joint parameter table from multiple models and measurement files

  Aperta

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  v1

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  PEtab-dev/libpetab-python#5 · 1 commento · Aperta il 16/12/2019

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Add: Allow plotting by observableID & simCondID at the same time

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  visualization

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  PEtab-dev/libpetab-python#4 · Aperta il 30/9/2019

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• add: plotting STD if the column noiseParameter has values and no replicates available

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  visualization

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

  PEtab-dev/libpetab-python#3 · 1 commento · Aperta il 20/8/2019

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• add case in visualization routine: in measurementData file, if same simulationConditionId, but differing preequilibrationId etc.

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  visualization

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  PEtab-dev/libpetab-python#2 · Aperta il 5/7/2019

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• `petablint` fails for PEtab v2 problems with only warnings

  Forse già presa @dweindl l’ha presa 3 giorni fa. Aperta

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