Feature to automate handling of replicate data
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@dilpath 已经在做这个了。
开始于 2024年10月8日。
评估
这个 Issue 还没有评估数据。
描述
Hi all!
I am wondering about a specific detail of setting up a parameter estimation problem and how it could be automated with petab. It is about how to make use of replicate data in the parameter estimation problem.
If replicates are available, I could think of at least 2 distinct scenarios of how to deal with this data:
-
Use individual replicates to calculate their mean and standard error of the mean, at each time point. And then use those as the data points and time point specific noise parameter values of the error model, respectively, when evaluating the objective function for parameter estimation.
-
Calculate the standard deviation of the individual replicates (for each time point) and use it as an error model parameter while using the individual replicates as individual data points when evaluating the objective function.
It would be great if petab could provide a feature to do this and choose between the different options.
I discussed this a bit with Dilan already and he asked me to assign him to the issue, but I don’t know how to do this. 😊
Thanks, everyone!
- 主要语言
- Python
- 星标
- 18
- 派生
- 9
- 平均合并
- 1 天 8 小时
- 30 天内合并 PR
- 21
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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