PEtab-dev/libpetab-python

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• `petab_files_1to2` keeps a stale model file when converting into a non-empty output directory

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 73/100

  PEtab-dev/libpetab-python#566 · Abierto el 21/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• v2: Update parameter table validation for PEtab 2.0 erratum E1 (infinite bounds)

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

  PEtab-dev/libpetab-python#565 · Abierto el 21/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• v2: linter doesn't check that placeholder IDs are unique

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  PEtab-dev/libpetab-python#555 · Abierto el 15/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• `sympify_petab` returns `Integer` for Python/numpy integers, but `Float` for numeric strings

  Abierto

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  PEtab-dev/libpetab-python#553 · Abierto el 15/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• `petab_math_str` writes `nan` and `zoo`, which are not valid PEtab

  Abierto

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  PEtab-dev/libpetab-python#549 · Abierto el 15/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• v2: writing a problem reformats all math expressions, including unchanged ones

  Abierto

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  PEtab-dev/libpetab-python#548 · 1 comentario · Abierto el 15/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• `ExperimentsToSbmlConverter`: "no priority set" warning is unreachable

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  PEtab-dev/libpetab-python#525 · Abierto el 30/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• An estimated parameter is silently dropped from the simulation mapping when the model cannot give it a value

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  PEtab-dev/libpetab-python#522 · Abierto el 22/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Condition-table override referencing a parameter with a non-numeric InitialAssignment crashes with an opaque KeyError

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  PEtab-dev/libpetab-python#519 · Abierto el 21/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Improve model abstractions

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  PEtab-dev/libpetab-python#518 · Abierto el 7/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case)

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#494 · 1 comentario · Abierto el 26/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Support for discrete noise distributions

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#466 · Abierto el 3/12/2025

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Add CLI for petab v1->v2 conversion

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  enhancement

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  PEtab-dev/libpetab-python#453 · Abierto el 29/10/2025

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Add goodness-of-fit and residual plots to visualization examples

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  documentation

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  PEtab-dev/libpetab-python#439 · Abierto el 19/9/2025

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• API for renaming PEtab entities

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  PEtab-dev/libpetab-python#438 · Abierto el 19/9/2025

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Remove `v2.Problem.*_df`

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  PEtab-dev/libpetab-python#409 · Abierto el 21/7/2025

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• v2: Visualization functions

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  PEtab-dev/libpetab-python#398 · Abierto el 2/7/2025

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Document release process

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#396 · Abierto el 2/7/2025

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• v2: Update validator

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

  PEtab-dev/libpetab-python#369 · Abierto el 28/3/2025

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• antlr runtime version

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  PEtab-dev/libpetab-python#344 · 4 comentarios · Abierto el 18/12/2024

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• `flatten_timepoint_specific_output_overrides` should not do anything if there are no timepoint-specific output parameters

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  PEtab-dev/libpetab-python#314 · Abierto el 17/10/2024

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Add functionality for computing posteriors

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  enhancement

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#312 · 2 reacciones · Abierto el 15/10/2024

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Refactor priors

  Quizá libre de nuevo @dweindl la tomó hace 740 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  PEtab-dev/libpetab-python#311 · 2 reacciones · 1 asignado · Abierto el 15/10/2024

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• Feature to automate handling of replicate data

  Quizá libre de nuevo @dilpath la tomó hace 748 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  PEtab-dev/libpetab-python#310 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 8/10/2024

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• PEtab Simulator update_parameters

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  enhancement

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#305 · 2 reacciones · Abierto el 15/8/2024

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Replace individual dataframe arguments by Problem objects

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  PEtab-dev/libpetab-python#301 · 1 reacción · Abierto el 2/7/2024

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• v2 validation: atomize checks

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  v2

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  PEtab-dev/libpetab-python#289 · 1 reacción · Abierto el 29/6/2024

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Integration of extensions

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  PEtab-dev/libpetab-python#273 · 2 comentarios · Abierto el 25/6/2024

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• composite problem

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  PEtab-dev/libpetab-python#265 · 4 comentarios · Abierto el 2/6/2024

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Wrong plot_goodness_of_fit if different order of rows in measurement_df and simulation_df

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  bug visualization

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  PEtab-dev/libpetab-python#247 · 1 comentario · 2 reacciones · Abierto el 27/2/2024

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Improve error handling in Problem.from_yaml - format_version

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  v1 validation

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

  PEtab-dev/libpetab-python#217 · Abierto el 25/7/2023

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Validator: Add option to warn about unused / non-standard columns

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  enhancement v1 validation

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#128 · Abierto el 22/4/2022

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Python API for linter

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#35 · 2 comentarios · Abierto el 16/2/2021

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• False positive invalid condition ID.

  Quizá libre de nuevo @dilpath la tomó hace 2176 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  PEtab-dev/libpetab-python#366 · 6 comentarios · 1 asignado · Abierto el 20/10/2020

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• single objectivePriorParameters are cast to numpy.float64

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  PEtab-dev/libpetab-python#27 · 7 comentarios · Abierto el 27/8/2020

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• writer functions do not perform sanity checks + use misleading options for writing tsv

  Abierto

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#26 · 11 comentarios · Abierto el 24/8/2020

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Should unspecified optional strings be the empty string or NaN?

  Abierto

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  question v1

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#25 · 4 comentarios · Abierto el 18/6/2020

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Visualization of measurements without condition table and visualization table

  Quizá libre de nuevo @plakrisenko la tomó hace 1631 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  PEtab-dev/libpetab-python#22 · 1 asignado · Abierto el 13/5/2020

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Visualization: if column 'XValues' not provided and multiple conditions should be plotted automatically

  Abierto

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

  PEtab-dev/libpetab-python#21 · 2 comentarios · Abierto el 21/4/2020

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• consistent coloring of legend entries across plots

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 30/100

  PEtab-dev/libpetab-python#18 · 1 comentario · Abierto el 21/2/2020

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• xOffset for logscale xValues

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  question v1 visualization

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#17 · 1 comentario · Abierto el 21/2/2020

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• BarPlots ignore xValues

  Quizá libre de nuevo @plakrisenko la tomó hace 1632 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  PEtab-dev/libpetab-python#16 · 6 comentarios · 2 asignados · Abierto el 21/2/2020

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Parallelize plotting for large amounts of subplots (saved to files)

  Quizá libre de nuevo @MerktSimon la tomó hace 2467 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  PEtab-dev/libpetab-python#11 · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 24/1/2020

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Implement validation CompositeProblem

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#9 · Abierto el 16/12/2019

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Add function to create joint parameter table from multiple models and measurement files

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  PEtab-dev/libpetab-python#5 · 1 comentario · Abierto el 16/12/2019

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Add: Allow plotting by observableID & simCondID at the same time

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  PEtab-dev/libpetab-python#4 · Abierto el 30/9/2019

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• add: plotting STD if the column noiseParameter has values and no replicates available

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  PEtab-dev/libpetab-python#3 · 1 comentario · Abierto el 20/8/2019

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• add case in visualization routine: in measurementData file, if same simulationConditionId, but differing preequilibrationId etc.

  Abierto

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  PEtab-dev/libpetab-python#2 · Abierto el 5/7/2019

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