Include PyOBO products
还没有人认领这个 Issue。
评估
- 难度
- 5/5
- 预计耗时
- 一周以上
- 新手友好度
- 25/100
- Issue 类型
- 功能
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- python, sqlite
- 领域
- build-system, database
调研方向
从链接的 obo-db-ingest 仓库以及 semantic-sql 现有的构建和分发入口开始。明确应支持哪些 PyOBO 产品、是否可以使用上游 OBO/OWL/JSON 产品，以及内存、磁盘、URI 和 S3 分发方面的要求。当选定的产品能够可靠地构建，并且其 SQLite 数据库能够为 OAK 查询进行分发时，即视为完成。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
See https://github.com/biopragmatics/obo-db-ingest
It would be quite easy to add these as builds, and distribute the sqlite on s3.
Advantages:
- easy to query in OAK (though some methods and commands e.g
treewouldn't make sense as these wouldn't follow expected structural shapes for ontologies) - fast to query via SQL
Note there is ongoing discussion about URIs for these, but semantic-sql doesn't care, we store things natively as CURIEs, and the prefix table can be swapped to anything.
Ideally the products would be built and distributed (obo/owl/json) upstream, to avoid running the build step, as this introduces an additional source of potential pipeline failure, we also have to determine memory/disk requirements
cc @cthoyt
- 主要语言
- Python
- 星标
- 70
- 派生
- 7
- 平均合并
- 4 小时 18 分钟
- 30 天内合并 PR
- 1
环境准备
- 提供 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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