Owner

INCATools

登录后关注

已索引 30 个仓库 · 在 GitHub 查看

ontology-development-kit
Ontology lifecycle management

Dockerfile · 381 个 star
ontology-access-kit
Ontology Access Kit: A python library and command line application for working with ontologies

Python · 202 个 star
semantic-sql
SQL and SQLite builds of OWL ontologies

Python · 70 个 star
ubergraph
Integrated OBO ontology store

Makefile · 53 个 star
dead_simple_owl_design_patterns
A simple system for specifying OWL class design patterns for OBO-ish ontologies.

Python · 49 个 star
whelk
Whelk is an OWL EL reasoner

Scala · 46 个 star
boomer
Bayesian OWL ontology merging

Scala · 37 个 star
dosdp-tools
Utility for working with DOSDP design patterns and OWL ontologies

Scala · 33 个 star
obographviz
Customizable translation of OBO graphs to dot for visualization using graphviz and other tools

JavaScript · 27 个 star
relation-graph
Materialize OWL existential relations

Scala · 24 个 star
kgcl
Datamodel for KGCL (Knowledge Graph Change Language)

Python · 23 个 star
whelk-rs
Whelk is an OWL EL reasoner

Rust · 23 个 star
kgcl-rdflib
Tools for working with KGCL

Python · 20 个 star
ontobot-change-agent
A GitHub bot for modifying ontology resources.

Python · 9 个 star
environments2wikidata
Mapping of GAZ and ENVO to Wikidata

Makefile · 7 个 star
fantom5-ontology
ontology categorizing samples from FANTOM5 project

Web Ontology Language · 6 个 star
intelligent-concept-assistant

6 个 star
neoplasmer
Neoplasm Entity Recognition: matching disease names to ontology classes

Prolog · 5 个 star
rdf_matcher
swi rdf_matcher

Prolog · 5 个 star
oakx-grape
Experimental OAK plugin for Grape

Python · 5 个 star
还有 10 个仓库在在 GitHub 查看

适合新手全部

未关闭全部

可能已有人在做的 issue 排在最后。全部按时间排序

OLS embeddings: API ergonomics (obsolete terms in results, 500 for non-embeddable model, no bulk access)
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

INCATools/ontology-access-kit#918 · 2026年10月5日创建
OLS embeddings: text search (llm_search) misses exact label matches
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

INCATools/ontology-access-kit#917 · 2026年10月5日创建
OLS embeddings: vector search scores disagree with the served vectors (self-match < 1, ties)
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

INCATools/ontology-access-kit#916 · 2026年10月5日创建
OLS embeddings: similarity scores are (1 + cosine) / 2, not cosine (undocumented)
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

INCATools/ontology-access-kit#915 · 2026年10月5日创建
Review the relevance of development tools in ODKFull
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

INCATools/ontology-development-kit#1378 · 2026年9月13日创建

维护者通常 4 天内回复
Include uv
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

INCATools/ontology-development-kit#1375 · 3 条评论 · 2026年9月11日创建

维护者通常 4 天内回复
precompute_lookups() costs 2.62 GB on NCBITaxon with no docstring or indication that cost scales with ontology size
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 56/100

INCATools/ontology-access-kit#910 · 2026年9月10日创建
prefix table: 774 redundant rows, and 3 prefixes carrying another resource's base
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

INCATools/semantic-sql#124 · 2026年9月10日创建
Several methods return set-derived lists, so their order changes between processes
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

INCATools/ontology-access-kit#909 · 2026年9月9日创建
Add Markdown formatting at end of ODK seed command
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 66/100

INCATools/ontology-development-kit#1371 · 1 条评论 · 2026年9月9日创建

维护者通常 4 天内回复
Review release artefacts
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 50/100

INCATools/ontology-development-kit#1369 · 4 条评论 · 2026年8月29日创建

维护者通常 4 天内回复
Consistently use URIBASE / ONTBASE
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

INCATools/ontology-development-kit#1367 · 1 条评论 · 1 个 reaction · 2026年8月16日创建

维护者通常 4 天内回复
Must “export” release artefacts use a format-dependent ontology IRI?
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 56/100

INCATools/ontology-development-kit#1366 · 4 条评论 · 2026年8月16日创建

维护者通常 4 天内回复
Can we release?
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

INCATools/whelk-rs#35 · 1 条评论 · 1 个 reaction · 2026年8月15日创建
Properly document `use_custom_import_module`
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 58/100

INCATools/ontology-development-kit#1365 · 2 条评论 · 2026年8月13日创建

维护者通常 4 天内回复
Intel Macs are reaching their end-of-life
未关闭
- 哪里不对？
community random musing

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

INCATools/ontology-development-kit#1364 · 2 个 reaction · 2026年8月4日创建

维护者通常 4 天内回复
Extend UI to support a curie-curie view to help with Translator provenance
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

INCATools/ubergraph#177 · 2026年7月30日创建
Remove upper version pin for python from OAK
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 58/100

INCATools/ontology-access-kit#905 · 2 条评论 · 2026年7月15日创建
Unify the versions of all actions and updating them to latest
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 48/100

INCATools/ontology-access-kit#904 · 2026年7月15日创建
tests/test_implementations/test_bioportal.py is fragile
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

INCATools/ontology-access-kit#903 · 3 条评论 · 2026年7月15日创建
Add Python 3.14 to the compatibility matrix
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

INCATools/ontology-access-kit#901 · 3 条评论 · 2026年7月14日创建
Migrate direct raw-S3 bbop-sqlite consumers to the semanticsql CDN
可能重新可做 @caufieldjh 于 88 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
help wanted

INCATools/semantic-sql#115 · 7 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年7月14日创建
[bot] Cut a semsql release including the semanticsql.berkeleybop.io default
可能重新可做 @caufieldjh 于 88 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
enhancement

INCATools/semantic-sql#114 · 2 条评论 · 1 个 reaction · 已指派 1 人 · 2026年7月14日创建
Evaluate sqlite-zstd compression as alternative to gzip
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

INCATools/semantic-sql#111 · 1 条评论 · 2026年7月2日创建
Epic: reduce dependencies on central sqlite database
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

INCATools/ontology-access-kit#889 · 2026年7月2日创建
Ubergraph descendants() treats bare string CURIE input as characters
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

INCATools/ontology-access-kit#887 · 2026年6月20日创建
OLS adapter graph traversal lacks descendants() and reflexive keyword parity
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

INCATools/ontology-access-kit#886 · 2026年6月20日创建
OLS adapter label() returns None for OLS4 term payloads
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 62/100

INCATools/ontology-access-kit#885 · 2026年6月20日创建
Proposed new module type: minimal
未关闭
- 哪里不对？
enhancement needs discussion

难度 5/5 一周以上新手友好度 38/100

INCATools/ontology-development-kit#1352 · 18 条评论 · 1 个 reaction · 2026年6月19日创建

维护者通常 4 天内回复
The ODK needs its own reference documentation
可能重新可做 @gouttegd 于 117 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
documentation

INCATools/ontology-development-kit#1351 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年6月15日创建

维护者通常 4 天内回复
Provenance?
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

INCATools/ubergraph#174 · 1 条评论 · 2026年6月7日创建
Slow "naive approach" root detection: no adapter overrides the base impl, hits noticeably at 2.7M-node scale
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

INCATools/ontology-access-kit#881 · 1 条评论 · 2026年5月20日创建
Reduce S3 egress costs for bbop-sqlite database downloads
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

INCATools/ontology-access-kit#880 · 2026年5月11日创建
axioms of `info` output have wrong labels
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 58/100

INCATools/ontology-access-kit#877 · 2026年5月8日创建
Schema: add author_label_column, author_synonym_columns,
可能重新可做 @ubyndr 于 183 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
INCATools/pandasaurus_cxg#100 · 已指派 1 人 · 2026年4月10日创建
Optimize horned-owl text search for large local OWL ontologies
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

INCATools/ontology-access-kit#871 · 2026年4月7日创建
Warn users not to use make -B in their workflows
可能重新可做 @gouttegd 于 190 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
documentation

INCATools/ontology-development-kit#1333 · 5 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年4月3日创建

维护者通常 4 天内回复
oaklib fails to import with linkml-runtime 1.10.0: Format.JSON removed
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 67/100

INCATools/ontology-access-kit#867 · 1 条评论 · 2026年4月1日创建
Revise documentation
可能重新可做 @gouttegd 于 194 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
documentation

INCATools/ontology-development-kit#1330 · 1 个 reaction · 已指派 1 人 · 2026年3月30日创建

维护者通常 4 天内回复
feature request: enhance term enrichment figures
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

INCATools/ontology-access-kit#866 · 1 条评论 · 2026年3月24日创建
broken link in enrichment demo
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 68/100

INCATools/ontology-access-kit#865 · 2026年3月23日创建
using semantic sql in R: a vignette
未关闭
- 哪里不对？
documentation

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

INCATools/semantic-sql#106 · 3 条评论 · 2026年3月22日创建
HPOA parser does not account for negation qualifier
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

INCATools/ontology-access-kit#862 · 2026年2月26日创建
Chore: Getting SADeprecationWarning in SQL code
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

INCATools/ontology-access-kit#861 · 1 条评论 · 2026年2月24日创建
Chore: Curies currently needs to be locked to version 11
可能重新可做 @DnlRKorn 于 233 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
chore

INCATools/ontology-access-kit#855 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年2月20日创建
Chore: Gilda annotate changes return data format in release 1.5.0
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 55/100

INCATools/ontology-access-kit#854 · 2026年2月20日创建
Chore: Backslash character in test data causes pronto to have error
未关闭
- 哪里不对？
chore

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

INCATools/ontology-access-kit#853 · 8 条评论 · 2026年2月20日创建
Chore: gen-doc commands in fails when linkml>=1.9
可能重新可做 @DnlRKorn 于 233 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
chore

INCATools/ontology-access-kit#850 · 7 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年2月20日创建
Allow exceptions when checking alignment
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

INCATools/odk-robot-plugin#6 · 2026年1月26日创建
Replace `dataclasses-jsonschema`
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

INCATools/odkcore#1 · 2025年12月25日创建

维护者通常 4 天内回复

只显示最新的 100 条

这个页面只列出最近收录的部分。完整清单在高级筛选里，可以按语言、难度和预计耗时筛选。

前往高级筛选

INCATools

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

哪里不对？

只显示最新的 100 条

把新 issue 发到你的邮箱