Include PyOBO products
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python, sqlite
- Ambito
- build-system, database
Direzione di ricerca
Inizia con il repository obo-db-ingest collegato e con i punti di ingresso esistenti per build e distribuzione di semantic-sql. Chiarisci quali prodotti PyOBO devono essere supportati, se è possibile consumare prodotti OBO/OWL/JSON upstream e quali sono i requisiti di memoria, disco, URI e distribuzione S3. Il lavoro è completato quando i prodotti selezionati vengono compilati in modo affidabile e i relativi database SQLite vengono distribuiti per le query OAK.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
See https://github.com/biopragmatics/obo-db-ingest
It would be quite easy to add these as builds, and distribute the sqlite on s3.
Advantages:
- easy to query in OAK (though some methods and commands e.g
treewouldn't make sense as these wouldn't follow expected structural shapes for ontologies) - fast to query via SQL
Note there is ongoing discussion about URIs for these, but semantic-sql doesn't care, we store things natively as CURIEs, and the prefix table can be swapped to anything.
Ideally the products would be built and distributed (obo/owl/json) upstream, to avoid running the build step, as this introduces an additional source of potential pipeline failure, we also have to determine memory/disk requirements
cc @cthoyt
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 70
- Fork
- 7
- Merge medio
- 4h 18m
- PR unite (30g)
- 1
Preparare l'ambiente
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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