Include PyOBO products
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- python, sqlite
- Área
- build-system, database
Línea de trabajo
Comienza con el repositorio obo-db-ingest enlazado y los puntos de entrada existentes de build y distribución de semantic-sql. Aclara qué productos de PyOBO deben ser compatibles, si se pueden consumir productos OBO/OWL/JSON upstream y cuáles son los requisitos de memoria, disco, URI y distribución mediante S3. Se considera terminado cuando los productos seleccionados se compilan de forma fiable y sus bases de datos SQLite se distribuyen para las consultas de OAK.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
See https://github.com/biopragmatics/obo-db-ingest
It would be quite easy to add these as builds, and distribute the sqlite on s3.
Advantages:
- easy to query in OAK (though some methods and commands e.g
treewouldn't make sense as these wouldn't follow expected structural shapes for ontologies) - fast to query via SQL
Note there is ongoing discussion about URIs for these, but semantic-sql doesn't care, we store things natively as CURIEs, and the prefix table can be swapped to anything.
Ideally the products would be built and distributed (obo/owl/json) upstream, to avoid running the build step, as this introduces an additional source of potential pipeline failure, we also have to determine memory/disk requirements
cc @cthoyt
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 70
- Forks
- 7
- Merge medio
- 4 h 18 min
- PR fusionados (30 d)
- 1
Preparar el entorno
- Incluye un Dockerfile o un archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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