Include PyOBO products
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 25/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python, sqlite
- 領域
- build-system, database
調査の方向性
リンクされている obo-db-ingest リポジトリと、semantic-sql に既存する build および distribution のエントリポイントから始めます。どの PyOBO プロダクトをサポートすべきか、upstream の OBO/OWL/JSON プロダクトを利用できるか、またメモリ、ディスク、URI、S3 distribution の要件を明確にします。選択したプロダクトが確実にビルドされ、その SQLite データベースが OAK クエリ用に配布されれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
See https://github.com/biopragmatics/obo-db-ingest
It would be quite easy to add these as builds, and distribute the sqlite on s3.
Advantages:
- easy to query in OAK (though some methods and commands e.g
treewouldn't make sense as these wouldn't follow expected structural shapes for ontologies) - fast to query via SQL
Note there is ongoing discussion about URIs for these, but semantic-sql doesn't care, we store things natively as CURIEs, and the prefix table can be swapped to anything.
Ideally the products would be built and distributed (obo/owl/json) upstream, to avoid running the build step, as this introduces an additional source of potential pipeline failure, we also have to determine memory/disk requirements
cc @cthoyt
- 主要言語
- Python
- スター
- 70
- フォーク
- 7
- 平均マージ
- 4時間 18分
- マージ済み PR（30日）
- 1
環境構築
- Dockerfile または Docker Compose ファイルあり
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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