Include PyOBO products
Personne n'a encore pris cette issue.
Évaluation
- Difficulté
- 5/5
- Temps estimé
- Plus d'une semaine
- Accessibilité débutants
- 25/100
- Type d'issue
- Fonctionnalité
- Clarté
- À clarifier
- Activité
- À l'abandon
- Stack technique
- python, sqlite
- Domaine
- build-system, database
Piste de recherche
Commencez par le dépôt obo-db-ingest lié et les points d’entrée existants de build et de distribution de semantic-sql. Déterminez quels produits PyOBO doivent être pris en charge, si les produits OBO/OWL/JSON upstream peuvent être consommés, ainsi que les exigences en matière de mémoire, de disque, d’URI et de distribution S3. Le travail est considéré comme terminé lorsque les produits sélectionnés sont construits de manière fiable et que leurs bases de données SQLite sont distribuées pour les requêtes OAK.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
See https://github.com/biopragmatics/obo-db-ingest
It would be quite easy to add these as builds, and distribute the sqlite on s3.
Advantages:
- easy to query in OAK (though some methods and commands e.g
treewouldn't make sense as these wouldn't follow expected structural shapes for ontologies) - fast to query via SQL
Note there is ongoing discussion about URIs for these, but semantic-sql doesn't care, we store things natively as CURIEs, and the prefix table can be swapped to anything.
Ideally the products would be built and distributed (obo/owl/json) upstream, to avoid running the build step, as this introduces an additional source of potential pipeline failure, we also have to determine memory/disk requirements
cc @cthoyt
- Langage dominant
- Python
- Étoiles
- 70
- Forks
- 7
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Préparer son environnement
- Fournit un Dockerfile ou un fichier Docker Compose
- Aucun modèle de pull request
- Lire le guide de contribution
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
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