Include PyOBO products
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
Bewertung
- Schwierigkeit
- 5/5
- Geschätzter Aufwand
- Über eine Woche
- Anfängerfreundlichkeit
- 25/100
- Issue-Typ
- Feature
- Klarheit
- Muss geklärt werden
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Tech-Stack
- python, sqlite
- Bereich
- build-system, database
Rechercherichtung
Beginne mit dem verlinkten obo-db-ingest-Repository und den bestehenden Build- und Distributions-Einstiegspunkten von semantic-sql. Kläre, welche PyOBO-Produkte unterstützt werden sollen, ob vorgelagerte OBO/OWL/JSON-Produkte genutzt werden können und welche Anforderungen an Speicher, Festplatte, URI und die S3-Distribution bestehen. Als erledigt gilt die Aufgabe, wenn die ausgewählten Produkte zuverlässig gebaut werden und ihre SQLite-Datenbanken für OAK-Abfragen verteilt werden.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
See https://github.com/biopragmatics/obo-db-ingest
It would be quite easy to add these as builds, and distribute the sqlite on s3.
Advantages:
- easy to query in OAK (though some methods and commands e.g
treewouldn't make sense as these wouldn't follow expected structural shapes for ontologies) - fast to query via SQL
Note there is ongoing discussion about URIs for these, but semantic-sql doesn't care, we store things natively as CURIEs, and the prefix table can be swapped to anything.
Ideally the products would be built and distributed (obo/owl/json) upstream, to avoid running the build step, as this introduces an additional source of potential pipeline failure, we also have to determine memory/disk requirements
cc @cthoyt
- Vorherrschende Sprache
- Python
- Sterne
- 70
- Forks
- 7
- Ø Merge
- 4 Std. 18 Min.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 1
Entwicklungsumgebung
- Enthält ein Dockerfile oder eine Docker-Compose-Datei
- Keine Pull-Request-Vorlage
- Beitragsleitfaden lesen
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Mehr aus INCATools/semantic-sql
-
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100
INCATools/semantic-sql#124 ·
-
Migrate direct raw-S3 bbop-sqlite consumers to the semanticsql CDNEvtl. wieder frei @caufieldjh hat das vor 95 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offenhelp wanted
INCATools/semantic-sql#115 · 7 Kommentare · 1 zugewiesene Person ·
-
[bot] Cut a semsql release including the semanticsql.berkeleybop.io defaultEvtl. wieder frei @caufieldjh hat das vor 95 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offenenhancement
INCATools/semantic-sql#114 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · 1 zugewiesene Person ·
-
enhancement
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100
INCATools/semantic-sql#111 · 1 Kommentar ·
-
Integrate ENERO Foundry ontologies into Semantic-SQLEvtl. vergeben @cmungall hat das vor 200 Tagen übernommen. Offenenhancement
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
INCATools/semantic-sql#107 ·
Alle Issues in INCATools/semantic-sql
Ähnliche Issues
-
bot-triaged module: LrScheduler module: optimizer triaged
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 70/100
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
-
documentation glm5 llm-model
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 78/100
vllm-project/vllm-ascend#19062 ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
-
author-page correction
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 68/100
acl-org/acl-anthology#10496 · 1 Kommentar ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
-
Issue Type: Bug Report
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 82/100
celery/celery#10875 · 1 Kommentar ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
-
enhancement good first issue
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 76/100
SasanLabs/VulnerableApp#836 ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag