Include PyOBO products
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 5/5
- Thời gian dự kiến
- Hơn một tuần
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- python, sqlite
- Lĩnh vực
- build-system, database
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu với repository obo-db-ingest được liên kết và các entry point build và distribution hiện có của semantic-sql. Làm rõ những sản phẩm PyOBO nào cần được hỗ trợ, liệu có thể sử dụng các sản phẩm OBO/OWL/JSON upstream hay không, cũng như các yêu cầu về bộ nhớ, ổ đĩa, URI và phân phối S3. Công việc được xem là hoàn tất khi các sản phẩm đã chọn được build đáng tin cậy và các cơ sở dữ liệu SQLite của chúng được phân phối để thực hiện các truy vấn OAK.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
See https://github.com/biopragmatics/obo-db-ingest
It would be quite easy to add these as builds, and distribute the sqlite on s3.
Advantages:
- easy to query in OAK (though some methods and commands e.g
treewouldn't make sense as these wouldn't follow expected structural shapes for ontologies) - fast to query via SQL
Note there is ongoing discussion about URIs for these, but semantic-sql doesn't care, we store things natively as CURIEs, and the prefix table can be swapped to anything.
Ideally the products would be built and distributed (obo/owl/json) upstream, to avoid running the build step, as this introduces an additional source of potential pipeline failure, we also have to determine memory/disk requirements
cc @cthoyt
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 70
- Fork
- 7
- Merge trung bình
- 4 giờ 18 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 1
Chuẩn bị môi trường
- Có Dockerfile hoặc tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của INCATools/semantic-sql
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
INCATools/semantic-sql#124 ·
-
Migrate direct raw-S3 bbop-sqlite consumers to the semanticsql CDNCó thể làm lại được @caufieldjh đã nhận 92 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởhelp wanted
INCATools/semantic-sql#115 · 7 bình luận · 1 người được giao ·
-
[bot] Cut a semsql release including the semanticsql.berkeleybop.io defaultCó thể làm lại được @caufieldjh đã nhận 92 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởenhancement
INCATools/semantic-sql#114 · 2 bình luận · 1 reaction · 1 người được giao ·
-
enhancement
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
INCATools/semantic-sql#111 · 1 bình luận ·
-
Integrate ENERO Foundry ontologies into Semantic-SQLCó thể đã có người làm @cmungall đã nhận 198 ngày trước. Đang mởenhancement
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
INCATools/semantic-sql#107 ·
Tất cả issue của INCATools/semantic-sql
Issue tương tự
-
bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
Deltares/imod-python#1940 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
effort: low prio: low ready
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
digitalfabrik/integreat-cms#4621 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 5 ngày
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
ioos/compliance-checker#1375 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
netbox status: backlog topic: testing type: housekeeping
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 70/100
netbox-community/netbox#23395 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày