Create VcfReader class or standalone function which takes INFO key-value pairs and reconstructs VRS Alleles
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評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python
調査の方向性
まず、VCF INFO アノテーションがどのように生成されるか、また VRS Allele オブジェクトがどのように表現されるかを確認します。pysam のレコードジェネレーターの挙動を含め、VcfReader アプローチと standalone-function アプローチを比較します。アノテーション付きレコードが自身のアレルを再構築し、アノテーションなしの入力が明確に失敗すれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
We let people annotate VCFs with info we claim is enough to reconstruct the VRS Alleles for each record, but we don't provide the code to do that.
Providing this would be useful to users, would prove that the annotations do work, and would be useful in testing.
If we go the VcfReader route we should provide a generator interface over the records which returns the original pysam records, along with the list of VRS Allele objects constructed from the annotations.
If the input is not already annotated, it should fail.
- 主要言語
- Python
- スター
- 64
- フォーク
- 44
- 平均マージ
- 2日 19時間
- マージ済み PR（30日）
- 7
環境構築
このプロジェクトの開発コンテナを、あなたの GitHub アカウントでブラウザ上に起動します。
- Dockerfile または Docker Compose ファイルあり
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドなし
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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