Provide way to stop normalization if the expression is obviously problematic (such as deletions in large gap/unknown regions)
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python
調査の方向性
Allele.state の正規化ルーチンから開始し、issue に記載されている NC_000015.9:g.7211_7214del のケースを再現します。完了を配列の増大に対する上限で制御すべきか、曖昧性コード付き塩基を拒否することで制御すべきかを判断し、その後、合意したルールに従って正規化が速やかに戻ることを done と定義します。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
When trying to normalize the variant NC_000015.9:g.7211_7214del the routine will go into a seemingly endless routine to try to figure out the normalized result for the Allele.state.
Without a full analysis their is evidence that this is likely caused by the fact that the first 17 million bases in chromosome 15 are all Ns. So as it rolls right/left to get to a unique sequence region it will go on for an impractical amount of time.
I suggest we put a limit in terms of how large the sequence can grow up to when normalizing the Allele. But we should discuss how to best handle this.
@toneillbroad just suggested that maybe we simply disallow any normalization that includes ambiguity coded bases not A, C, T or G. I sort of like that as a general rule of thumb, since it is very difficult to address the true normality of a sequence that includes any of the ambiguity codes. We can make this a vrs-python rule so that our normalizer doesn't go off and never return in these portions of the reference sequences
- 主要言語
- Python
- スター
- 63
- フォーク
- 43
- 平均マージ
- 1時間 2分
- マージ済み PR（30日）
- 1
コントリビューションガイド
このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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