VCF annotator should have additional options/behavior in case where input already has annotations
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評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 25/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python
調査の方向性
現在の VCF annotator の動作から始め、pull request #556 の初期スケッチを確認します。validator mode、updater mode、またはその両方を対象とするのかを、エラー/ロギングおよび出力に関する期待も含めて明確にします。すでにアノテーション済みの VCFs に対する選択した動作が定義され、適切なテストでカバーされていれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Currently, the VCF annotator errors out if you give it a VCF that has already been annotated. Not sure this is preferred behavior.
This isn't super concrete, but some broad ideas from 2025-06-25 call
- "validator mode" -- walk through the VCF and raise error or log for any cases where the computed ID is different
- "updater mode" -- recompute + write a new VCF (ideally update in place but that may be more difficult). Initial sketch of this in https://github.com/ga4gh/vrs-python/pull/556
- 主要言語
- Python
- スター
- 64
- フォーク
- 44
- 平均マージ
- 3日 2時間
- マージ済み PR（30日）
- 6
環境構築
このプロジェクトの開発コンテナを、あなたの GitHub アカウントでブラウザ上に起動します。
- Dockerfile または Docker Compose ファイルあり
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドなし
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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