Input type issues in using `Translator` to translate from VRS
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 48/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- python
調査の方向性
src/ga4gh/vrs/extras/translator.py の 125-135 行付近から始めます。ここでは translator がモデルに subscript を適用して失敗しています。他の translators で使われている入力処理と比較し、そのうえで VRS の入力を一貫してシリアライズされた JSON オブジェクトにするべきか、別の文書化された形式にするべきかを確認します。選択した入力契約が module-subscript エラーなしで動作し、他の translators と一貫していれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
This code here tries to subscript into models, which is a module, on line 132. This obviously leads to an error:
I think a bigger problem is inconsistency about expected inputs. The other translators take variant expressions as strings, but translating from VRS seems to try to handle either dicts or Pydantic objects (realistically, probably actually PythonJsonSchemaObjects, not Pydantic). I think it'd be better to maybe expect input to be a JSON object serialized into a string, just to remain consistent and avoid these kinds of issues.
- 主要言語
- Python
- スター
- 64
- フォーク
- 44
- 平均マージ
- 3日 2時間
- マージ済み PR（30日）
- 6
環境構築
このプロジェクトの開発コンテナを、あなたの GitHub アカウントでブラウザ上に起動します。
- Dockerfile または Docker Compose ファイルあり
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドなし
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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