Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

PyArrow OSError: Unexpected end of stream

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#334 4 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
pandas, python
Lĩnh vực
data, testing-qa

Hướng nghiên cứu

Tái hiện lỗi từ tests/test_xenium.py:213 bằng pyarrow 22.0.0 và kiểm tra việc đọc parquet trong src/spatialdata_io/readers/xenium.py, đặc biệt là _get_tables_and_circles. So sánh lần chạy CI và bản sửa spatialdata liên quan, sau đó xác nhận rằng kiểm thử Xenium và CI đều chạy thành công với hành vi phụ thuộc đã được giải quyết.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Since the release of pyarrow 22.0.0 the CI started failing, with errors similar to the one below. Please note that the error doesn't seem to be spatialdata-related. Full CI run here.

tests/test_xenium.py:213: 
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ 
src/spatialdata_io/_utils.py:59: in wrapper
    return f(*args, **kwargs)
           ^^^^^^^^^^^^^^^^^^
src/spatialdata_io/readers/xenium.py:192: in xenium
    return_values = _get_tables_and_circles(path, cells_as_circles, specs, gex_only)
                    ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
src/spatialdata_io/readers/xenium.py:570: in _get_tables_and_circles
    metadata = pd.read_parquet(path / XeniumKeys.CELL_METADATA_FILE)
               ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pandas/io/parquet.py:669: in read_parquet
    return impl.read(
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pandas/io/parquet.py:265: in read
    pa_table = self.api.parquet.read_table(
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pyarrow/parquet/core.py:1899: in read_table
    return dataset.read(columns=columns, use_threads=use_threads,
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pyarrow/parquet/core.py:1538: in read
    table = self._dataset.to_table(
pyarrow/_dataset.pyx:589: in pyarrow._dataset.Dataset.to_table
    ???
pyarrow/_dataset.pyx:3969: in pyarrow._dataset.Scanner.to_table
    ???
pyarrow/error.pxi:155: in pyarrow.lib.pyarrow_internal_check_status
    ???
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ 

>   ???
E   OSError: Unexpected end of stream

pyarrow/error.pxi:92: OSError

The pyarrow release also broke some tests in spatialdata, but these have been already fixed here: https://github.com/scverse/spatialdata/pull/1003, and a release will be made soon.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
103
Fork
64
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của scverse/spatialdata-io

Tất cả issue của scverse/spatialdata-io

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.