PyArrow OSError: Unexpected end of stream
还没有人认领这个 Issue。
评估
- 难度
- 3/5
- 预计耗时
- 1-2 天
- 新手友好度
- 35/100
- Issue 类型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
- 领域
- data, testing-qa
调研方向
使用 pyarrow 22.0.0 重现 tests/test_xenium.py:213 中的失败，并检查 src/spatialdata_io/readers/xenium.py 中的 parquet 读取，尤其是 _get_tables_and_circles。比较 CI 运行结果和相关的 spatialdata 修复，然后确认 Xenium 测试和 CI 在依赖项行为得到解决后均通过。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Since the release of pyarrow 22.0.0 the CI started failing, with errors similar to the one below. Please note that the error doesn't seem to be spatialdata-related. Full CI run here.
tests/test_xenium.py:213:
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
src/spatialdata_io/_utils.py:59: in wrapper
return f(*args, **kwargs)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^
src/spatialdata_io/readers/xenium.py:192: in xenium
return_values = _get_tables_and_circles(path, cells_as_circles, specs, gex_only)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
src/spatialdata_io/readers/xenium.py:570: in _get_tables_and_circles
metadata = pd.read_parquet(path / XeniumKeys.CELL_METADATA_FILE)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pandas/io/parquet.py:669: in read_parquet
return impl.read(
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pandas/io/parquet.py:265: in read
pa_table = self.api.parquet.read_table(
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pyarrow/parquet/core.py:1899: in read_table
return dataset.read(columns=columns, use_threads=use_threads,
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pyarrow/parquet/core.py:1538: in read
table = self._dataset.to_table(
pyarrow/_dataset.pyx:589: in pyarrow._dataset.Dataset.to_table
???
pyarrow/_dataset.pyx:3969: in pyarrow._dataset.Scanner.to_table
???
pyarrow/error.pxi:155: in pyarrow.lib.pyarrow_internal_check_status
???
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
> ???
E OSError: Unexpected end of stream
pyarrow/error.pxi:92: OSError
The pyarrow release also broke some tests in spatialdata, but these have been already fixed here: https://github.com/scverse/spatialdata/pull/1003, and a release will be made soon.
- 主要语言
- Python
- 星标
- 103
- 派生
- 64
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
scverse/spatialdata-io 的其他 Issue
-
documentation
难度 2/5 半天 新手友好度 65/100
scverse/spatialdata-io#161 · 13 条评论 ·
-
bug
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 58/100
scverse/spatialdata-io#422 ·
-
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 45/100
scverse/spatialdata-io#419 · 1 条评论 ·
-
MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formats可能已有人在做 @adamjtaylor 于 84 天前认领。 未关闭
难度 5/5 一周以上 新手友好度 48/100
scverse/spatialdata-io#409 · 1 个 reaction ·
-
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 52/100
scverse/spatialdata-io#408 ·
查看 scverse/spatialdata-io 的全部 Issue
相似的 Issue
-
customer-reported question
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 62/100
Azure/azure-sdk-for-python#49548 · 1 条评论 · 1 个 reaction ·
维护者通常 1 天内回复
-
难度 1/5 1 小时以内 新手友好度 88/100
btclib-org/btclib-wallet#409 ·
维护者通常 1 天内回复
-
Phase 2 PSA Capability & Career Profile
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 62/100
bcgov/digital-journeys#2310 ·
-
bug good first issue
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 78/100
fastmachinelearning/hls4ml#1582 ·
维护者通常 3 天内回复
-
Sort models未关闭enhancement good first issue
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 62/100
维护者通常 1 天内回复