PyArrow OSError: Unexpected end of stream
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 領域
- data, testing-qa
調査の方向性
pyarrow 22.0.0 を使用して tests/test_xenium.py:213 の失敗を再現し、src/spatialdata_io/readers/xenium.py の parquet 読み取り、特に _get_tables_and_circles を調査してください。CI の実行と関連する spatialdata の修正を比較し、解決された依存関係の挙動で Xenium テストと CI がパスすることを確認してください。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Since the release of pyarrow 22.0.0 the CI started failing, with errors similar to the one below. Please note that the error doesn't seem to be spatialdata-related. Full CI run here.
tests/test_xenium.py:213:
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
src/spatialdata_io/_utils.py:59: in wrapper
return f(*args, **kwargs)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^
src/spatialdata_io/readers/xenium.py:192: in xenium
return_values = _get_tables_and_circles(path, cells_as_circles, specs, gex_only)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
src/spatialdata_io/readers/xenium.py:570: in _get_tables_and_circles
metadata = pd.read_parquet(path / XeniumKeys.CELL_METADATA_FILE)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pandas/io/parquet.py:669: in read_parquet
return impl.read(
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pandas/io/parquet.py:265: in read
pa_table = self.api.parquet.read_table(
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pyarrow/parquet/core.py:1899: in read_table
return dataset.read(columns=columns, use_threads=use_threads,
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pyarrow/parquet/core.py:1538: in read
table = self._dataset.to_table(
pyarrow/_dataset.pyx:589: in pyarrow._dataset.Dataset.to_table
???
pyarrow/_dataset.pyx:3969: in pyarrow._dataset.Scanner.to_table
???
pyarrow/error.pxi:155: in pyarrow.lib.pyarrow_internal_check_status
???
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
> ???
E OSError: Unexpected end of stream
pyarrow/error.pxi:92: OSError
The pyarrow release also broke some tests in spatialdata, but these have been already fixed here: https://github.com/scverse/spatialdata/pull/1003, and a release will be made soon.
- 主要言語
- Python
- スター
- 105
- フォーク
- 64
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
scverse/spatialdata-io のほかの issue
-
documentation
難易度 2/5 半日 初心者へのやさしさ 65/100
scverse/spatialdata-io#161 · コメント 13 件 ·
-
bug
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 58/100
scverse/spatialdata-io#422 ·
-
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100
scverse/spatialdata-io#419 · コメント 1 件 ·
-
MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formats対応中かも @adamjtaylor が 85 日前に担当しました。 オープン
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 48/100
scverse/spatialdata-io#409 · リアクション 1 件 ·
-
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 52/100
scverse/spatialdata-io#408 ·
scverse/spatialdata-io の issue をすべて見る
似ている issue
-
Path subtraction removes repeated suffix characters instead of one suffix対応中かも @Gwerdonatus が今日担当しました。 オープン
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
joke2k/django-environ#671 ·
-
good first issue help wanted windows
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 80/100
-
test_pgbouncer deploys the server under test from Charmhub instead of the local build (track/1.31)オープンbug
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100
canonical/temporal-k8s-operator#195 · コメント 1 件 ·
メンテナーはふだん 4 日以内に返信
-
`burr` fails to start when the Python path has a space in it対応中かも @enekoreto が今日担当しました。 オープンstatus/needs-triage
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
メンテナーはふだん 5 日以内に返信
-
device support request
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100
zigpy/zha-device-handlers#5461 ·
メンテナーはふだん 4 日以内に返信