PyArrow OSError: Unexpected end of stream
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- data, testing-qa
Línea de trabajo
Reproduce el fallo de tests/test_xenium.py:213 usando pyarrow 22.0.0 e inspecciona la lectura de parquet en src/spatialdata_io/readers/xenium.py, especialmente _get_tables_and_circles. Compara la ejecución de CI y la corrección relacionada de spatialdata, y confirma que la prueba de Xenium y CI pasan con el comportamiento resuelto de la dependencia.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Since the release of pyarrow 22.0.0 the CI started failing, with errors similar to the one below. Please note that the error doesn't seem to be spatialdata-related. Full CI run here.
tests/test_xenium.py:213:
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
src/spatialdata_io/_utils.py:59: in wrapper
return f(*args, **kwargs)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^
src/spatialdata_io/readers/xenium.py:192: in xenium
return_values = _get_tables_and_circles(path, cells_as_circles, specs, gex_only)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
src/spatialdata_io/readers/xenium.py:570: in _get_tables_and_circles
metadata = pd.read_parquet(path / XeniumKeys.CELL_METADATA_FILE)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pandas/io/parquet.py:669: in read_parquet
return impl.read(
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pandas/io/parquet.py:265: in read
pa_table = self.api.parquet.read_table(
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pyarrow/parquet/core.py:1899: in read_table
return dataset.read(columns=columns, use_threads=use_threads,
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pyarrow/parquet/core.py:1538: in read
table = self._dataset.to_table(
pyarrow/_dataset.pyx:589: in pyarrow._dataset.Dataset.to_table
???
pyarrow/_dataset.pyx:3969: in pyarrow._dataset.Scanner.to_table
???
pyarrow/error.pxi:155: in pyarrow.lib.pyarrow_internal_check_status
???
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
> ???
E OSError: Unexpected end of stream
pyarrow/error.pxi:92: OSError
The pyarrow release also broke some tests in spatialdata, but these have been already fixed here: https://github.com/scverse/spatialdata/pull/1003, and a release will be made soon.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 103
- Forks
- 64
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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