scverse/scanpy

Single-cell analysis in Python. Scales to >100M cells.

Stelle: 2.6k
Fork: 779
Issue aperte per principianti: 6
Issue indicizzate: 444
Merge medio: 1g 4h
PR unite (30g): 27

Lingua principale: Python
Licenza: BSD-3-Clause
Ultimo push su GitHub: 17/9/2026
Ultima indicizzazione: 19/9/2026
Guida per i contributori: Guida per i contributori
Codice di condotta: Codice di condotta
Label per principianti: good first issue help wanted

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

`highly_variable_genes` with `batch_key` and `subset=True` keeps the wrong genes when `n_top_genes` is not set Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 84/100

scverse/scanpy#4370 · Aperta il 17/9/2026
`anndata.acc` based API for `obs_df`,`var_df` Aperta

Area – API

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

scverse/scanpy#4360 · Aperta il 11/9/2026
`calculate_qc_metrics(use_raw=True)` labels `.raw`'s matrix with `adata.var` Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 58/100

scverse/scanpy#4347 · Aperta il 6/9/2026
The `.uns` output for `scanpy.pp.highly_variable_genes` is not documented Aperta

Triage 🩺

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 74/100

scverse/scanpy#4341 · Aperta il 3/9/2026
`rank_genes_groups(method="t-test", mean_in_log_space=False)` runs the t-test on exponentiated values Aperta

Triage 🩺

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100

scverse/scanpy#4336 · Aperta il 2/9/2026
sc.external.exporting.cellbrowser: cellbrowser_raw_data\sample_colors.tsv does not exist, skipping it An exception has occurred, use %tb to see the full traceback. Aperta

Triage 🩺

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100

scverse/scanpy#4335 · Aperta il 2/9/2026
`anndata.acc` replacement for functions taking `obsm`, `layer`, … Aperta

Area – API

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/scanpy#4334 · Aperta il 1/9/2026
sc.pl.paga raises TypeError when cax is passed with multiple colors Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 82/100

scverse/scanpy#4318 · Aperta il 22/8/2026
Split up rank_genes_groups Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/scanpy#4305 · Aperta il 18/8/2026
Pre 2.0 janitor work Aperta

Area - Documentation 📒 Area – Performance 🐌 Area – Preprocessing 🧼

scverse/scanpy#4286 · 1 assegnatario · Aperta il 10/8/2026
log1p warning when modifying several layers Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 74/100

scverse/scanpy#4285 · 2 commenti · Aperta il 7/8/2026
pp.regress_out returns wrong residuals when a covariate barely varies Aperta

scverse/scanpy#4280 · 1 assegnatario · Aperta il 5/8/2026
Investigate our neighbors algorithm choice Aperta

Area - Topology 🍩

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

scverse/scanpy#4131 · 15 commenti · Aperta il 19/5/2026
wilcoxon DE, vs_all_perturbed Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/scanpy#4114 · 14 commenti · Aperta il 8/5/2026
Investigate `networkit` (for `leiden` implementation) Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

scverse/scanpy#4110 · 4 commenti · Aperta il 7/5/2026
Automatically using Dask for large datasets when necessary Aperta

Area - Out of core 💾

scverse/scanpy#4095 · 14 commenti · 3 assegnatari · Aperta il 28/4/2026
`sc.get.aggregate` memory leak for Dask array Aperta

Area - Out of core 💾

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/scanpy#4074 · Aperta il 18/4/2026
Add `layer` parameter to `read_10x_*` functions Aperta

Area - IO

scverse/scanpy#4071 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 17/4/2026
modernize datasets Aperta

Area - Datasets

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

scverse/scanpy#4044 · Aperta il 9/4/2026
Opinionated defaults for 2.0 Aperta

Area – API

scverse/scanpy#4008 · 5 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 23/3/2026
`anndata.acc` based API Aperta

Area – API

scverse/scanpy#4007 · 5 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 23/3/2026
seaborn is broken with pandas 3: Violin plots squished, points misaligned Aperta

Area - Plotting 🌺 Upstream

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

scverse/scanpy#3991 · 2 commenti · Aperta il 26/2/2026
Mislocation of colorbar legend by `sc.pl.scatter` Aperta

Area - Plotting 🌺

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/scanpy#3963 · Aperta il 30/1/2026
Add Poisson Gene Selection to HVG Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/scanpy#3956 · 1 reazione · Aperta il 26/1/2026
[RFC] Refactoring Scanpy's Numba Backend: C-Style Kernel Layer & Biology-Optimized Sparse Matrices Aperta

scverse/scanpy#3944 · 3 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 12/1/2026
Integration Testing CI Test Failure on python 3.13 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/scanpy#3935 · Aperta il 7/1/2026
[RFC] Proposal: Architecture Modernization – Native Kernels, Model Hub & Lazy Dependencies Aperta

Area – Performance 🐌 Needs info❔

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

scverse/scanpy#3934 · 8 commenti · Aperta il 24/12/2025
Order of pts and pts_rest in rank_genes_groups results doesn't match other fields in adata.uns["rank_genes_groups"] Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/scanpy#3930 · Aperta il 22/12/2025
Add TAU as an optional clustering method in Scanpy Aperta

Area - Community

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 45/100

scverse/scanpy#3919 · 14 commenti · Aperta il 15/12/2025
`pp.regress_out` fails with to many CPU-Cores Aperta

scverse/scanpy#3910 · 1 assegnatario · Aperta il 11/12/2025
Exposing some functions `squidpy` uses Aperta

Area – API

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

scverse/scanpy#3891 · Aperta il 12/11/2025
Highly Variable Genes Selection using CSC `dask` Aperta

Area - Out of core 💾 Area – Performance 🐌

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/scanpy#3862 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 30/10/2025
Implementation of `sc.tl.score_genes` doesn't match reference Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

scverse/scanpy#3845 · 2 commenti · Aperta il 23/10/2025
Support values_to_plot in pl.rank_genes_groups_matrixplot and pl.rank_genes_groups_heatmap (parity with dotplot) Aperta

Area - Plotting 🌺

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

scverse/scanpy#3842 · 1 commento · Aperta il 21/10/2025
Regressing out variables in pearson residual normalization (SCTransform) Aperta

Needs info❔

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

scverse/scanpy#3838 · 1 commento · Aperta il 20/10/2025
Improve flexibility of `sc.pp.scrublet()` Aperta

Needs info❔

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

scverse/scanpy#3837 · 6 commenti · Aperta il 17/10/2025
Export more types Aperta

Area – API

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/scanpy#3826 · 3 commenti · Aperta il 2/10/2025
Apple Silicon: Accelerate or openBLAS for Numpy Aperta

Question

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/scanpy#3823 · 2 commenti · Aperta il 30/9/2025
Unexpected number of non-zero distances when running `sc.pp.neighbors` with `transformer="pynndescent"` Aperta

Area - Topology 🍩

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 62/100

scverse/scanpy#3809 · 5 commenti · Aperta il 21/9/2025
Custom neighbor transformers with variable neighbor count <= k fail Aperta

Area - Topology 🍩

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

scverse/scanpy#3806 · 1 commento · Aperta il 19/9/2025
Inconsistency of `basis` argument in plotting functions Aperta

Area - Plotting 🌺

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/scanpy#3803 · 1 commento · Aperta il 18/9/2025
replace remaining utils with fast-array-utils Aperta

Development Process 🚀

scverse/scanpy#3784 · 1 assegnatario · Aperta il 4/9/2025
sc.pp.scale changes adata.raw.X Aperta

Needs info❔

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/scanpy#3756 · 4 commenti · Aperta il 31/7/2025
Don’t create AnnData objects with duplicate var/obs names in sc.datasets Aperta

breaking change ‼️

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/scanpy#3729 · Aperta il 22/7/2025
Column-wise `dask` `map_blocks` Aperta

Meta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/scanpy#3723 · Aperta il 21/7/2025
Refactor `BasePlot` not to create a dataframe representation of the data Aperta

Area - Plotting 🌺 Area – Performance 🐌 good first issue

scverse/scanpy#3718 · 3 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 18/7/2025
sc.pl.dotplot is surprisingly ineffective for subsets of data Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

scverse/scanpy#3717 · 3 commenti · Aperta il 17/7/2025
Investigate IRLBA Aperta

scverse/scanpy#3673 · 1 assegnatario · Aperta il 6/6/2025
Error when running sc.tl.rank_genes_groups Aperta

Needs info❔

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

scverse/scanpy#3671 · 2 commenti · Aperta il 6/6/2025
Plotting a subset of the data with a dendrogram in e.g. dotplot should retain the dendrogram ordering Aperta

Area - Plotting 🌺

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

scverse/scanpy#3668 · 1 commento · Aperta il 4/6/2025

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