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Ouverte Toutes

Document that spatial queries on MultiPolygon keep also the components outside the queried region Ouverte

docs 📜 element: shapes ▲ method: query priority: low

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 72/100

scverse/spatialdata#1255 · Ouverte le 21/9/2026
get_matrix reads a whole backed matrix by fancy index, and copies it again to restore an order it never lost Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 84/100

scverse/mantispy#114 · Ouverte le 21/9/2026
reduce_grouped's backed path rescans the group codes for every group Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 88/100

scverse/mantispy#113 · Ouverte le 21/9/2026
The resolution advisory is silent on an unstamped object, where it is most needed Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 62/100

scverse/mantispy#111 · Ouverte le 21/9/2026
No way to name a learned embedding's axes from a named feature block on the same wells Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

scverse/mantispy#110 · Ouverte le 21/9/2026
noise_removal's stdev_cutoff cannot be used with the normalization the package recommends Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 45/100

scverse/mantispy#109 · Ouverte le 21/9/2026
Integration Testing CI Test Failure on python 3.14 with prerelease dependencies Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 42/100

scverse/mudata#200 · Ouverte le 21/9/2026
tl.consensus and tl.aggregate drop obsm, so a corrected embedding cannot be reduced Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 68/100

scverse/mantispy#105 · Ouverte le 20/9/2026
The schema requires CellProfiler var columns of every object, including those with no such features Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100

scverse/mantispy#104 · Ouverte le 20/9/2026
tl.feature_signature returns an object io.validate rejects Ouverte

bug

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 88/100

scverse/mantispy#103 · Ouverte le 20/9/2026
Nothing in the repository regenerates registry.yaml Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 58/100

scverse/mantispy#96 · Ouverte le 20/9/2026
The CI data cache has no size budget, and the 10 GB limit fails quietly Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 88/100

scverse/mantispy#95 · Ouverte le 20/9/2026
jump_target2 cannot be asked for a plate from particular sources Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

scverse/mantispy#94 · Ouverte le 20/9/2026
Multi-plate profiles are read one file at a time Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 78/100

scverse/mantispy#93 · Ouverte le 20/9/2026
import mantispy parses the whole dataset registry, even when no dataset is loaded Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 72/100

scverse/mantispy#92 · Ouverte le 20/9/2026
composition_dispersion is not a reserved uns name, and hit_calling's Raises is out of date Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 84/100

scverse/mantispy#91 · Ouverte le 20/9/2026
hitcall is not checked numerically against tcplfit2 Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

scverse/mantispy#90 · Ouverte le 20/9/2026
cluster_composition's raw p-values stay anti-conservative after the dispersion correction Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 42/100

scverse/mantispy#89 · Ouverte le 20/9/2026
The OASIS plate-map join duplicates _join_platemap and loses its validation Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

scverse/mantispy#86 · Ouverte le 20/9/2026
Some bugs I found while reviewing a PR Ouverte

bug

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

scverse/annbatch#278 · Ouverte le 19/9/2026
Why does fau need to know about numba internals for thread layer Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100

scverse/fast-array-utils#215 · Ouverte le 18/9/2026
Document each shipped dataset: derived columns, stats, and the scripts that rebuild it Ouverte

documentation

Difficulté 4/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 45/100

scverse/mantispy#74 · Ouverte le 18/9/2026
Cell-resolution tests treat cells within a well as independent replicates Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

scverse/mantispy#68 · Ouverte le 18/9/2026
Cross-fit the hit-calling covariance instead of splitting the controls in half Ouverte

enhancement

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100

scverse/mantispy#64 · Ouverte le 18/9/2026
read_export cannot link objects that share a child instead of a parent Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 64/100

scverse/mantispy#61 · Ouverte le 18/9/2026
Add an iLISI and silhouette equivalence test against scib-metrics Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 72/100

scverse/mantispy#53 · Ouverte le 17/9/2026
Migrate pp.harmony to scanpy's core harmony_integrate once 1.13 is stable Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

scverse/mantispy#52 · Ouverte le 17/9/2026
Add cross-reference roles, admonitions and a standard page header Ouverte

documentation

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100

scverse/mantispy#48 · Ouverte le 17/9/2026
Raise figure density in the tutorials Ouverte

documentation

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

scverse/mantispy#47 · Ouverte le 17/9/2026
Replace dict-literal result cells in the tutorials Ouverte

documentation

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 65/100

scverse/mantispy#46 · Ouverte le 17/9/2026
Split documentation into Tutorials, Examples and Pitfalls Ouverte

documentation

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100

scverse/mantispy#45 · Ouverte le 17/9/2026
Tutorial index is a bare toctree; landing page is the README Ouverte

documentation

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

scverse/mantispy#43 · Ouverte le 17/9/2026
Tutorial prose refers to warnings the docs build strips Ouverte

documentation

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

scverse/mantispy#42 · Ouverte le 17/9/2026
Private symbols are imported in the published tutorials Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 65/100

scverse/mantispy#38 · Ouverte le 17/9/2026
Publish to PyPI and submit to scverse ecosystem-packages Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 58/100

scverse/mantispy#36 · Ouverte le 17/9/2026
More `jit` options, specifically `nogil=True` on the serial kernels Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 65/100

scverse/fast-array-utils#213 · 4 commentaires · Ouverte le 17/9/2026
`highly_variable_genes` with `batch_key` and `subset=True` keeps the wrong genes when `n_top_genes` is not set Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 84/100

scverse/scanpy#4370 · Ouverte le 17/9/2026
TOTALVI.get_normalized_expression omits learned protein capture efficiency Ouverte

bug

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 74/100

scverse/scvi-tools#4022 · Ouverte le 16/9/2026
Visium HD: empty `dataset_id` default produces an unnamed coordinate system that napari-spatialdata can't select Ouverte

bug

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 58/100

scverse/spatialdata-io#422 · Ouverte le 16/9/2026
Outline color palette is ignored in `render_shapes` if no color is passed Ouverte

bug

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 68/100

scverse/spatialdata-plot#777 · Ouverte le 16/9/2026
Integration Testing CI Test Failure on python 3.12 Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

scverse/SnapATAC2#501 · Ouverte le 16/9/2026
Bugs and problems in calculate_niche and in unreleased main. Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

scverse/squidpy#1293 · Ouverte le 15/9/2026
Group modules in TOC Ouverte

scverse/mantispy#27 · 1 personne assignée · Ouverte le 14/9/2026
Use new annbatch/pertpy/etc doc style Ouverte

scverse/mantispy#23 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 14/9/2026
Add logo Ouverte

scverse/mantispy#22 · 1 personne assignée · Ouverte le 14/9/2026
Large Cell Painting Gallery accessions in mantispy.ds Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 52/100

scverse/mantispy#21 · Ouverte le 14/9/2026
pycytominer equivalence suite Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 55/100

scverse/mantispy#19 · 1 commentaire · Ouverte le 14/9/2026
Evaluation metrics Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

scverse/mantispy#18 · 1 commentaire · Ouverte le 14/9/2026
Feature selection and outlier detection Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

scverse/mantispy#16 · Ouverte le 14/9/2026
Sphering and batch correction Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 52/100

scverse/mantispy#17 · Ouverte le 14/9/2026

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