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scverse

索引済みのリポジトリ 49 件 · GitHub で見る

scanpy
Single-cell analysis in Python. Scales to >100M cells.

Python · スター 2562 個
scvi-tools
Deep probabilistic analysis of single-cell and spatial omics data

Python · スター 1695 個
gget
🧬 gget enables efficient querying of genomic reference databases

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anndata
Annotated data.

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PyDESeq2
A Python implementation of the DESeq2 pipeline for bulk RNA-seq DEA.

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squidpy
Spatial Single Cell Analysis in Python

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CellRank: dynamics from multi-view single-cell data

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spatialdata
An open and interoperable data framework for spatial omics data

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rapids-singlecell: GPU-accelerated framework for scRNA analysis

Python · スター 394 個
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Single-cell perturbation analysis

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SnapATAC2
Single-cell epigenomics analysis tools

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liana
LIANA+: an all-in-one framework for cell-cell communication

Python · スター 316 個
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Python package to perform enrichment analysis from omics data.

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muon is a multimodal omics Python framework

Python · スター 279 個
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A scanpy extension to analyse single-cell TCR and BCR data.

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anndataR
AnnData interoperability in R

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mudata
Multimodal Data (.h5mu) implementation for Python

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spatialdata-io

Python · スター 103 個
napari-spatialdata
Interactive visualization of spatial omics data

Python · スター 90 個
cookiecutter-scverse
Cookiecutter template for scverse

Python · スター 89 個
ほか 29 件のリポジトリは GitHub で見るにあります

初心者向けすべて

オープンすべて

Document that spatial queries on MultiPolygon keep also the components outside the queried region オープン

docs 📜 element: shapes ▲ method: query priority: low

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

scverse/spatialdata#1255 · 2026年9月21日に作成
get_matrix reads a whole backed matrix by fancy index, and copies it again to restore an order it never lost オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 84/100

scverse/mantispy#114 · 2026年9月21日に作成
reduce_grouped's backed path rescans the group codes for every group オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 88/100

scverse/mantispy#113 · 2026年9月21日に作成
The resolution advisory is silent on an unstamped object, where it is most needed オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 62/100

scverse/mantispy#111 · 2026年9月21日に作成
No way to name a learned embedding's axes from a named feature block on the same wells オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

scverse/mantispy#110 · 2026年9月21日に作成
noise_removal's stdev_cutoff cannot be used with the normalization the package recommends オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 45/100

scverse/mantispy#109 · 2026年9月21日に作成
Integration Testing CI Test Failure on python 3.14 with prerelease dependencies オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 42/100

scverse/mudata#200 · 2026年9月21日に作成
tl.consensus and tl.aggregate drop obsm, so a corrected embedding cannot be reduced オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

scverse/mantispy#105 · 2026年9月20日に作成
The schema requires CellProfiler var columns of every object, including those with no such features オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

scverse/mantispy#104 · 2026年9月20日に作成
tl.feature_signature returns an object io.validate rejects オープン

bug

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 88/100

scverse/mantispy#103 · 2026年9月20日に作成
Nothing in the repository regenerates registry.yaml オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 58/100

scverse/mantispy#96 · 2026年9月20日に作成
The CI data cache has no size budget, and the 10 GB limit fails quietly オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 88/100

scverse/mantispy#95 · 2026年9月20日に作成
jump_target2 cannot be asked for a plate from particular sources オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

scverse/mantispy#94 · 2026年9月20日に作成
Multi-plate profiles are read one file at a time オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 78/100

scverse/mantispy#93 · 2026年9月20日に作成
import mantispy parses the whole dataset registry, even when no dataset is loaded オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

scverse/mantispy#92 · 2026年9月20日に作成
composition_dispersion is not a reserved uns name, and hit_calling's Raises is out of date オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 84/100

scverse/mantispy#91 · 2026年9月20日に作成
hitcall is not checked numerically against tcplfit2 オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

scverse/mantispy#90 · 2026年9月20日に作成
cluster_composition's raw p-values stay anti-conservative after the dispersion correction オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

scverse/mantispy#89 · 2026年9月20日に作成
The OASIS plate-map join duplicates _join_platemap and loses its validation オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

scverse/mantispy#86 · 2026年9月20日に作成
Some bugs I found while reviewing a PR オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

scverse/annbatch#278 · 2026年9月19日に作成
Why does fau need to know about numba internals for thread layer オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

scverse/fast-array-utils#215 · 2026年9月18日に作成
Document each shipped dataset: derived columns, stats, and the scripts that rebuild it オープン

documentation

難易度 4/5 1週間以上初心者へのやさしさ 45/100

scverse/mantispy#74 · 2026年9月18日に作成
Cell-resolution tests treat cells within a well as independent replicates オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

scverse/mantispy#68 · 2026年9月18日に作成
Cross-fit the hit-calling covariance instead of splitting the controls in half オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

scverse/mantispy#64 · 2026年9月18日に作成
read_export cannot link objects that share a child instead of a parent オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 64/100

scverse/mantispy#61 · 2026年9月18日に作成
Add an iLISI and silhouette equivalence test against scib-metrics オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

scverse/mantispy#53 · 2026年9月17日に作成
Migrate pp.harmony to scanpy's core harmony_integrate once 1.13 is stable オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

scverse/mantispy#52 · 2026年9月17日に作成
Add cross-reference roles, admonitions and a standard page header オープン

documentation

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

scverse/mantispy#48 · 2026年9月17日に作成
Raise figure density in the tutorials オープン

documentation

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

scverse/mantispy#47 · 2026年9月17日に作成
Replace dict-literal result cells in the tutorials オープン

documentation

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 65/100

scverse/mantispy#46 · 2026年9月17日に作成
Split documentation into Tutorials, Examples and Pitfalls オープン

documentation

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

scverse/mantispy#45 · 2026年9月17日に作成
Tutorial index is a bare toctree; landing page is the README オープン

documentation

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

scverse/mantispy#43 · 2026年9月17日に作成
Tutorial prose refers to warnings the docs build strips オープン

documentation

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

scverse/mantispy#42 · 2026年9月17日に作成
Private symbols are imported in the published tutorials オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 65/100

scverse/mantispy#38 · 2026年9月17日に作成
Publish to PyPI and submit to scverse ecosystem-packages オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 58/100

scverse/mantispy#36 · 2026年9月17日に作成
More `jit` options, specifically `nogil=True` on the serial kernels オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 65/100

scverse/fast-array-utils#213 · コメント 4 件 · 2026年9月17日に作成
`highly_variable_genes` with `batch_key` and `subset=True` keeps the wrong genes when `n_top_genes` is not set オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 84/100

scverse/scanpy#4370 · 2026年9月17日に作成
TOTALVI.get_normalized_expression omits learned protein capture efficiency オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 74/100

scverse/scvi-tools#4022 · 2026年9月16日に作成
Visium HD: empty `dataset_id` default produces an unnamed coordinate system that napari-spatialdata can't select オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 58/100

scverse/spatialdata-io#422 · 2026年9月16日に作成
Outline color palette is ignored in `render_shapes` if no color is passed オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

scverse/spatialdata-plot#777 · 2026年9月16日に作成
Integration Testing CI Test Failure on python 3.12 オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

scverse/SnapATAC2#501 · 2026年9月16日に作成
Bugs and problems in calculate_niche and in unreleased main. オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

scverse/squidpy#1293 · 2026年9月15日に作成
Group modules in TOC オープン

scverse/mantispy#27 · 担当者 1 名 · 2026年9月14日に作成
Use new annbatch/pertpy/etc doc style オープン

scverse/mantispy#23 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月14日に作成
Add logo オープン

scverse/mantispy#22 · 担当者 1 名 · 2026年9月14日に作成
Large Cell Painting Gallery accessions in mantispy.ds オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 52/100

scverse/mantispy#21 · 2026年9月14日に作成
pycytominer equivalence suite オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

scverse/mantispy#19 · コメント 1 件 · 2026年9月14日に作成
Evaluation metrics オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

scverse/mantispy#18 · コメント 1 件 · 2026年9月14日に作成
Feature selection and outlier detection オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

scverse/mantispy#16 · 2026年9月14日に作成
Sphering and batch correction オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 52/100

scverse/mantispy#17 · 2026年9月14日に作成

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