scverse/SnapATAC2

Vedi su GitHub

Single-cell epigenomics analysis tools

Stelle: 323
Fork: 43
Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 68

Lingua principale: Python
Licenza: MIT
Ultimo push su GitHub: 14/8/2026
Ultima indicizzazione: 19/9/2026
Guida per i contributori: Nessuna guida per i contributori
Codice di condotta: Codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata
Metriche di merge delle PR: Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

68 issue aperte indicizzate

Integration Testing CI Test Failure on python 3.12 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#501 · Aperta il 16/9/2026
Integration Testing CI Test Failure on python 3.14 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#500 · Aperta il 14/9/2026
Integration Testing CI Install Failure on python 3.14 with prerelease dependencies Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

scverse/SnapATAC2#491 · Aperta il 5/8/2026
Integration Testing CI Install Failure on python 3.12 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/SnapATAC2#490 · Aperta il 5/8/2026
Integration Testing CI Install Failure on python 3.14 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#489 · Aperta il 5/8/2026
Integration Testing CI Test Failure on python 3.14 with prerelease dependencies Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#466 · Aperta il 3/6/2026
make_fragment_file silently drops marked duplicates, making frac_duplicates always 0 and fragment counts always 1 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

scverse/SnapATAC2#464 · 1 commento · Aperta il 18/5/2026
Issue with empty UMAP Plot in SnapATAC2 (v2.9.0) Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#456 · Aperta il 2/4/2026
Feature Request/Support: Support for mixed fragment_single and fragment_paired keys in AnnDataSet Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/SnapATAC2#452 · Aperta il 12/3/2026
Integration Testing CI Install Failure on python 3.13 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#451 · Aperta il 12/3/2026
Integrating Charton for publication-quality, Rust-native plotting (Polars-compatible) Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/SnapATAC2#450 · Aperta il 1/3/2026
Integration Testing CI Test Failure on python 3.13 with prerelease dependencies Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/SnapATAC2#448 · Aperta il 31/1/2026
scvi.external.POISSONMULTIVI function error Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#433 · 1 commento · Aperta il 11/11/2025
Empty peak matrix Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#422 · Aperta il 15/10/2025
Plotting issue on fresh install Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/SnapATAC2#420 · 1 commento · Aperta il 7/10/2025
unable to install a functioning app on a fresh environment Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#409 · 1 commento · Aperta il 1/8/2025
multiple sample version of Annotating cell clusters by integrating single-cell RNA-seq data Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

scverse/SnapATAC2#406 · 1 commento · Aperta il 18/7/2025
Question about integrating unpaired data Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/SnapATAC2#402 · Aperta il 22/6/2025
ex.export_coverage fails with some probloms Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#398 · Aperta il 23/5/2025
custom reference genome and annotation support Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/SnapATAC2#394 · 1 commento · Aperta il 2/5/2025
Using SCENIC+ with clustered and annotated anndataset Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

scverse/SnapATAC2#393 · Aperta il 3/4/2025
Is that possible to run diff_test in parallel? Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#392 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 2/4/2025
Macs3 runs out of memory due to multiprocessing when run from a python script. Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/SnapATAC2#390 · Aperta il 18/3/2025
Memory allocation error (?) when running snap.pp.import_data Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/SnapATAC2#389 · 2 commenti · Aperta il 17/3/2025
guarddog detected repository_integrity_mismatch Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#388 · Aperta il 17/3/2025
Nan error in RNA-ATAC integration Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

scverse/SnapATAC2#381 · 1 commento · Aperta il 27/2/2025
Making AnnDataSet changes reflect in individual sample files Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#376 · 3 commenti · Aperta il 31/1/2025
Bug running harmony batch correction with multiple covariates Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#370 · 1 commento · Aperta il 13/12/2024
Unable to edit backed AnnData Aperta

enhancement :sparkles:

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#369 · 2 commenti · Aperta il 11/12/2024
The value of 'Fraction of high-quality fragments overlapping peaks' is greater than 1 Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 28/100

scverse/SnapATAC2#362 · Aperta il 18/11/2024
Cannot compute joint embedding on RNA and ATAC object Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

scverse/SnapATAC2#350 · 4 commenti · Aperta il 9/10/2024
Is there a way generate a coverage plot for DARs? Aperta

enhancement :sparkles:

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

scverse/SnapATAC2#337 · 2 commenti · Aperta il 6/9/2024
snap.tl.macs3 error Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/SnapATAC2#336 · 5 commenti · Aperta il 5/9/2024
macs3 function not works with multiple dataset Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#332 · 4 commenti · Aperta il 2/9/2024
AnnDataSet can not be converted to AnnData when the X is empty Aperta

bug :bug:

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

scverse/SnapATAC2#331 · 3 commenti · Aperta il 30/8/2024
Label Transfer Using the SCVI-tools Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

scverse/SnapATAC2#326 · 1 commento · Aperta il 23/8/2024
Downstream analysis tutorial Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

scverse/SnapATAC2#319 · 2 commenti · Aperta il 4/8/2024
Extracting fragment count matrix Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/SnapATAC2#316 · 5 commenti · Aperta il 18/7/2024
Vignette for downstream analysis tools? Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#315 · 4 commenti · 3 reazioni · Aperta il 16/7/2024
Unexpected behavior in AnnDataSet subset Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#310 · 3 reazioni · Aperta il 24/6/2024
snapatac2.tl.diff_test Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/SnapATAC2#306 · 2 commenti · Aperta il 22/5/2024
Accessing and plotting QC metrics after merging to AnnDataSet: more documentation needed Aperta

documentation :book:

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#300 · 2 commenti · Aperta il 26/4/2024
Error related to parallelism when running `snap.tl.macs3` when running on the cluster Aperta

documentation :book:

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

scverse/SnapATAC2#298 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 22/4/2024
hard to understand about the description in filter features. Aperta

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#290 · 1 commento · Aperta il 8/4/2024
add_cor_scores Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/SnapATAC2#286 · 4 commenti · Aperta il 2/4/2024
obs_names resets to original barcodes when assigned via AnnDataset Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#278 · Aperta il 30/3/2024
trouble with pbmc notebook Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/SnapATAC2#277 · 4 commenti · Aperta il 28/3/2024
SnapATAC2 Docker Image Pushed to Docker Hub Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

scverse/SnapATAC2#263 · Aperta il 16/3/2024
add_cor_scores could only selects capitalized genes? Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#260 · 1 commento · Aperta il 15/3/2024
Read bam with split reads Aperta

enhancement :sparkles:

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#259 · 5 commenti · Aperta il 14/3/2024

scverse/SnapATAC2

Ricevi le nuove issue nella tua casella