scverse/napari-spatialdata

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Interactive visualization of spatial omics data

Stelle: 90
Fork: 25
Issue aperte per principianti: 1
Issue indicizzate: 68
Merge medio: 22m
PR unite (30g): 1

Lingua principale: Python
Licenza: BSD-3-Clause
Ultimo push su GitHub: 8/9/2026
Ultima indicizzazione: 19/9/2026
Guida per i contributori: Guida per i contributori
Codice di condotta: Codice di condotta
Label per principianti: good first issue

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

68 issue aperte indicizzate

Title: Labels categorical coloring fails for label ids missing from table rows when `*_colors` is present in `adata.uns` Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

scverse/napari-spatialdata#392 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 10/4/2026
Allow colormap scaling to reflect raw counts instead of hard-coded [0, 1] range Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 67/100

scverse/napari-spatialdata#387 · 4 commenti · Aperta il 16/2/2026
Support both `r`, `g`, `b` and `R`, `G`, `B` for displaying images Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

scverse/napari-spatialdata#382 · Aperta il 23/12/2025
KeyError: 'SpatialData' Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

scverse/napari-spatialdata#381 · 2 commenti · Aperta il 15/12/2025
Installation problem Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#379 · Aperta il 18/11/2025
Migrate to scverse cookiecutter template Aperta

scverse/napari-spatialdata#378 · 1 assegnatario · Aperta il 10/11/2025
Points subsampling Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

scverse/napari-spatialdata#372 · 2 commenti · Aperta il 26/8/2025
How to visualize specific gene `transcripts` and specific cell-type `cell_boundaries` within `napari-spatialdata`? Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#369 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 7/7/2025
Shift-E on point elements doesn't retain annotations (i.e. additional DataFrame columns) Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

scverse/napari-spatialdata#367 · 3 commenti · Aperta il 25/6/2025
`add_elements` not adding elements using Interactive Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#362 · Aperta il 13/5/2025
RuntimeError when trying to run napari-spatialdata Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

scverse/napari-spatialdata#361 · Aperta il 4/5/2025
how to indicate the shape of spatialDATA to subset spatial_adata Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

scverse/napari-spatialdata#359 · Aperta il 23/4/2025
Multiscale image visualization Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#352 · Aperta il 1/4/2025
Is it possible to show two different channels of the same image as different layers? Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 38/100

scverse/napari-spatialdata#351 · 2 commenti · Aperta il 28/3/2025
Widget to explain Color code of shapes Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/napari-spatialdata#350 · 2 reazioni · Aperta il 28/3/2025
why `len(unique) <= len(res) // 100` Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/napari-spatialdata#346 · 1 commento · Aperta il 10/2/2025
about Interactive(sdata) Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

scverse/napari-spatialdata#344 · 2 commenti · Aperta il 21/1/2025
[test-bot] Benchmark tests failing Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/napari-spatialdata#341 · 1 commento · Aperta il 19/1/2025
Legend (categorical obs column) for scatterplot widget not consistent Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

scverse/napari-spatialdata#339 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 5/1/2025
Teardown problems in scatterplot widget tests still present Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#335 · Aperta il 17/12/2024
Next steps after the scatterplot PR Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

scverse/napari-spatialdata#333 · 1 commento · Aperta il 17/12/2024
2.5D visualization Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

scverse/napari-spatialdata#330 · 2 commenti · Aperta il 8/11/2024
Colors categorical column in table annotated by a labels layer not correct in napari-spatialdata Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

scverse/napari-spatialdata#328 · 4 commenti · Aperta il 30/10/2024
Is "polygon_query" function working properly? Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#327 · 4 commenti · Aperta il 23/10/2024
make multicolor images Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100

scverse/napari-spatialdata#326 · 6 commenti · 1 reazione · Aperta il 23/10/2024
RGB Colormap missing Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 48/100

scverse/napari-spatialdata#325 · 1 commento · Aperta il 14/10/2024
Cannot set custom colors for categorical variables Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

scverse/napari-spatialdata#324 · 10 commenti · Aperta il 9/10/2024
Test for shapes Aperta

good first issue

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 62/100

scverse/napari-spatialdata#322 · 1 commento · Aperta il 1/10/2024
Test plotting annotations Aperta

good first issue

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

scverse/napari-spatialdata#321 · Aperta il 1/10/2024
Add design schema for napari-spatialdata and interacting plugins Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#313 · Aperta il 8/9/2024
Public API to refresh element lists Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

scverse/napari-spatialdata#312 · Aperta il 8/9/2024
Saving and reloading images directly on sdata within napari Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#310 · 3 commenti · Aperta il 6/9/2024
Refine support for tables annotating dataframes Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/napari-spatialdata#305 · Aperta il 23/8/2024
Coordinate system widget shown twice Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

scverse/napari-spatialdata#286 · Aperta il 9/8/2024
The channel slider works only for a single channel image. Aperta

macos

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/napari-spatialdata#273 · 2 commenti · Aperta il 14/7/2024
napari can only save the first shape Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#272 · 1 commento · Aperta il 12/7/2024
Saving with Shift+E seems to fail when the object is not backed. Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

scverse/napari-spatialdata#271 · Aperta il 11/7/2024
plot theme Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

scverse/napari-spatialdata#268 · 3 commenti · Aperta il 10/7/2024
Named axes and pixel resolution Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

scverse/napari-spatialdata#263 · Aperta il 26/6/2024
annotation widget mac specific issues Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/napari-spatialdata#250 · 1 commento · Aperta il 10/6/2024
Shapes performance Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#249 · 1 commento · Aperta il 10/6/2024
Remove `_models.py` Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#248 · 4 commenti · 1 reazione · Aperta il 10/6/2024
Error when filtering on multiple tables Aperta

bug

scverse/napari-spatialdata#244 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 23/5/2024
NaN values colored if non-NaN values are only one Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

scverse/napari-spatialdata#238 · 2 commenti · Aperta il 29/4/2024
Improvements around saving annotations to disk Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/napari-spatialdata#234 · Aperta il 11/4/2024
Colorbar and slider broken Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#227 · 1 commento · Aperta il 29/3/2024
Warn about element/table mismatches. Coloring the background Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#221 · Aperta il 24/3/2024
"Color by:" disappears after changing and going back to a layer. Proposed alternative approach Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

scverse/napari-spatialdata#220 · Aperta il 24/3/2024
Fix default size for points elements Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

scverse/napari-spatialdata#214 · Aperta il 21/3/2024
remove _pkg_constants Aperta

Task

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 35/100

scverse/napari-spatialdata#206 · Aperta il 13/3/2024

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