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scverse
已索引 49 個儲存庫 · 在 GitHub 檢視
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scanpy
Single-cell analysis in Python. Scales to >100M cells.
Python · 2562 個 star
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scvi-tools
Deep probabilistic analysis of single-cell and spatial omics data
Python · 1695 個 star
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gget
🧬 gget enables efficient querying of genomic reference databases
Python · 1200 個 star
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anndata
Annotated data.
Python · 773 個 star
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PyDESeq2
A Python implementation of the DESeq2 pipeline for bulk RNA-seq DEA.
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squidpy
Spatial Single Cell Analysis in Python
Python · 598 個 star
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cellrank
CellRank: dynamics from multi-view single-cell data
Python · 456 個 star
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spatialdata
An open and interoperable data framework for spatial omics data
Python · 394 個 star
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rapids-singlecell
rapids-singlecell: GPU-accelerated framework for scRNA analysis
Python · 394 個 star
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pertpy
Single-cell perturbation analysis
Python · 346 個 star
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SnapATAC2
Single-cell epigenomics analysis tools
Python · 323 個 star
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liana
LIANA+: an all-in-one framework for cell-cell communication
Python · 316 個 star
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decoupler
Python package to perform enrichment analysis from omics data.
Python · 294 個 star
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muon
muon is a multimodal omics Python framework
Python · 279 個 star
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scirpy
A scanpy extension to analyse single-cell TCR and BCR data.
Python · 265 個 star
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anndataR
AnnData interoperability in R
R · 196 個 star
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mudata
Multimodal Data (.h5mu) implementation for Python
Python · 134 個 star
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Python · 103 個 star
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napari-spatialdata
Interactive visualization of spatial omics data
Python · 90 個 star
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cookiecutter-scverse
Cookiecutter template for scverse
Python · 89 個 star
- 還有 29 個儲存庫在 在 GitHub 檢視
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Document that spatial queries on MultiPolygon keep also the components outside the queried region 未關閉docs 📜 element: shapes ▲ method: query priority: low
難度 3/5 1-2 天 新手友好度 72/100
scverse/spatialdata#1255 ·
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難度 3/5 1-2 天 新手友好度 84/100
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難度 2/5 1-3 小時 新手友好度 88/100
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難度 3/5 1-2 天 新手友好度 62/100
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難度 4/5 3-5 天 新手友好度 68/100
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難度 5/5 一週以上 新手友好度 45/100
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難度 3/5 1-2 天 新手友好度 42/100
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難度 3/5 1-2 天 新手友好度 68/100
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The schema requires CellProfiler var columns of every object, including those with no such features 未關閉
難度 4/5 3-5 天 新手友好度 48/100
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bug
難度 2/5 1-3 小時 新手友好度 88/100
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難度 4/5 3-5 天 新手友好度 58/100
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難度 2/5 1-3 小時 新手友好度 88/100
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難度 5/5 一週以上 新手友好度 35/100
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難度 2/5 1-3 小時 新手友好度 78/100
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難度 3/5 1-2 天 新手友好度 72/100
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難度 2/5 1-3 小時 新手友好度 84/100
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難度 4/5 3-5 天 新手友好度 68/100
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難度 4/5 3-5 天 新手友好度 42/100
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難度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
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bug
難度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
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難度 5/5 一週以上 新手友好度 30/100
scverse/fast-array-utils#215 ·
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documentation
難度 4/5 一週以上 新手友好度 45/100
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難度 5/5 一週以上 新手友好度 35/100
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enhancement
難度 5/5 一週以上 新手友好度 30/100
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enhancement
難度 4/5 3-5 天 新手友好度 64/100
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難度 3/5 1-2 天 新手友好度 72/100
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難度 4/5 3-5 天 新手友好度 45/100
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documentation
難度 4/5 3-5 天 新手友好度 48/100
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documentation
難度 4/5 3-5 天 新手友好度 45/100
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documentation
難度 4/5 3-5 天 新手友好度 65/100
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documentation
難度 5/5 一週以上 新手友好度 30/100
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documentation
難度 4/5 3-5 天 新手友好度 45/100
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documentation
難度 4/5 3-5 天 新手友好度 68/100
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enhancement
難度 4/5 3-5 天 新手友好度 65/100
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enhancement
難度 4/5 3-5 天 新手友好度 58/100
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難度 3/5 1-2 天 新手友好度 65/100
scverse/fast-array-utils#213 · 4 則留言 ·
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難度 2/5 1-3 小時 新手友好度 84/100
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bug
難度 3/5 1-2 天 新手友好度 74/100
scverse/scvi-tools#4022 ·
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bug
難度 3/5 1-2 天 新手友好度 58/100
scverse/spatialdata-io#422 ·
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bug
難度 3/5 1-2 天 新手友好度 68/100
scverse/spatialdata-plot#777 ·
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難度 3/5 1-2 天 新手友好度 35/100
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難度 5/5 一週以上 新手友好度 25/100
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難度 4/5 3-5 天 新手友好度 52/100
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難度 4/5 3-5 天 新手友好度 55/100
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難度 4/5 3-5 天 新手友好度 45/100
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難度 5/5 一週以上 新手友好度 35/100
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難度 4/5 3-5 天 新手友好度 52/100
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