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`petab_math_str` writes `nan` and `zoo`, which are not valid PEtab

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Valutazione

Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Idoneità per principianti
72/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Specificata chiaramente
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
python
Ambito
tooling

Direzione di ricerca

Inizia dal modulo petab.v1.math, dove petab_math_str converte le espressioni sympy in stringhe PEtab, e riproduci le tre chiamate nell'issue per vedere l'output con nan e zoo*x. Verifica come sympify_petab rifiuta già il nome riservato nan, così che il nuovo controllo segua lo stesso schema. È completato quando petab_math_str solleva un ValueError per le espressioni che contengono nan o zoo, e un test copre entrambi i casi.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

NaN is not representable in PEtab (v2 spec: NUMERIC excludes NaN; math expressions: "neither is NaN (not-a-number)" supported; nan is a reserved keyword, "undefined in PEtab"). The same holds for sympy's complex infinity zoo.

Nevertheless, petab_math_str prints them, producing files that cannot be read:

import sympy as sp
from petab.v1.math import petab_math_str, sympify_petab

petab_math_str(sp.nan)                # 'nan'
petab_math_str(sympify_petab("x / 0"))  # 'zoo*x'
sympify_petab("nan")                  # ValueError: Use of reserved name 'nan'

petab_math_str should raise a ValueError for expressions containing nan or zoo, instead of silently writing invalid PEtab.

🤖 Drafted with AI assistance.

Lingua principale
Python
Stelle
18
Fork
9
Merge medio
1g 8h
PR unite (30g)
21

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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