Improve model abstractions
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Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 25/100
Direzione di ricerca
Start by reading petab.v1.models.model.Model and the discussion in #517, including the linked pull request comment. Map how derived parameters and is_state_variable are used across the package before proposing changes. Done means the model abstraction reflects the constant, differential, and algebraic taxonomy without conflating simulator decisions.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
The current model abstraction in petab.v1.models.model.Model isn't great. Non-exhaustive list of problems:
- We don't have proper handling of derived parameters (#517 / https://github.com/PEtab-dev/libpetab-python/pull/517#issuecomment-5566488336)
is_state_variableconflates different questions. The simulator decides what's treated as a state variable - that's none of PEtab's business.- Ideally, the library would more closely adopt the specs' taxonomy regarding constant, differential, and algebraic entities.
Improve that. This will probably impact quite a number of places and needs to be addressed carefully.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 18
- Fork
- 9
- Merge medio
- 1g 8h
- PR unite (30g)
- 21
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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