Visium in matrix market format
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 52/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Tranquilo
- Stack tecnológico
- python
- Área
- bioinformatics, data
Línea de trabajo
Comienza revisando el issue relacionado #287 y los readers existentes del repositorio para entradas de Visium o de estilo 10x. Compara cómo se gestionan barcodes.tsv.gz, matrix.mtx y features.tsv.gz, y define la finalización como reconocer y leer correctamente el formato matrix market descrito con una cobertura adecuada.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Probably tangentially related to #287 , however this is also a semi common issue for visium data. For example, the entire WUSTL pancreatic cancer cohort from the human tumor atlas cohort provides their data in the matrix market format. It seems similar to the format where there is a barcodes.tsv.gz, matrix.mtx, and features.tsv.gz in some older 10x single cell datasets. Would it be worth adding a function to recognize this format and read it?
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 103
- Forks
- 65
- Merge medio
- 1 h 8 min
- PR fusionados (30 d)
- 3
Preparar el entorno
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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