Should unspecified optional strings be the empty string or NaN?
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
Línea de trabajo
Start by reviewing the PEtab optional string-column handling described in the issue and the affected entry point in AMICI's python/amici/plotting.py at line 81. Decide how unspecified values should be represented without confusing a literal 'nan' name, then verify the behavior across parsing and plotting integration.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
At the moment, there can be NaNs (after pd.read_csv) in optional PEtab string columns, such as observableNames, that, if interpreted as a string, are converted to the string literal 'nan'.
>>> import numpy as np
>>> str(np.nan)
'nan'
An issue can occur in the AMICI plotting functions. This issue can be fixed by replacing
elif model.getObservableNames()[iy] != '':
with
elif model.getObservableNames()[iy] in ['', 'nan']:
to correctly identify unspecified observable names. However, testing for the string 'nan' seems unintuitive, and this fix might cause another issue if an observable is named 'nan'.
Here's a solution, which could be implemented in PEtab, and might resolve the issue in AMICI.
$ cat test_str.csv
observableId observableName
a_id a_name
b_id
>>> import pandas as pd
>>> df1 = pd.read_csv('test_str.csv', sep='\t')
>>> df2 = pd.read_csv('test_str.csv', sep='\t')
>>> df2['observableName'] = df2['observableName'].fillna('')
>>> df1
observableId observableName
0 a_id a_name
1 b_id NaN
>>> df2
observableId observableName
0 a_id a_name
1 b_id
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 18
- Forks
- 9
- Merge medio
- 1 d 21 h
- PR fusionados (30 d)
- 25
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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