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possible problem parsing INFO description field

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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r

Línea de trabajo

Reproduce el problema con el registro INFO mostrado en el informe e inspecciona el valor analizado en vh@header@listData$INFO$Description[93]. Rastrea cómo se analiza el campo Description del encabezado, centrándote en el signo igual dentro del texto entre comillas. Se considera completado cuando se conserva la Description completa, incluido el texto de versión después del signo igual.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

An INFO record like

##INFO=<ID=VRS_Allele_IDs,Number=R,Type=String,Description="The computed identifiers for the GA4GH VRS Alleles corresponding to the GT indexes of the REF and ALT alleles [VRS version=2.0.1;VRS-Python version=2.1.1]">

is processed to

> vh@header@listData$INFO$Description[93]
[1] "The computed identifiers for the GA4GH VRS Alleles corresponding to the GT indexes of the REF and ALT alleles [VRS version"

Something about the equals sign causes truncation of string?

 sessionInfo()
R version 4.4.2 (2024-10-31)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu
Running under: Ubuntu 24.04.1 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so.3 
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libopenblasp-r0.3.26.so;  LAPACK version 3.12.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

time zone: Etc/UTC
tzcode source: system (glibc)

attached base packages:
[1] stats4    stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] VariantAnnotation_1.52.0    Rsamtools_2.22.0            Biostrings_2.74.0          
 [4] XVector_0.46.0              SummarizedExperiment_1.36.0 Biobase_2.66.0             
 [7] GenomicRanges_1.58.0        GenomeInfoDb_1.42.1         IRanges_2.40.1             
[10] S4Vectors_0.44.0            MatrixGenerics_1.18.0       matrixStats_1.4.1          
[13] BiocGenerics_0.52.0         DT_0.33                     AnVILGCP_1.0.0             
[16] AnVIL_1.18.5                AnVILBase_1.0.0             dplyr_1.1.4                

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] tidyselect_1.2.1         blob_1.2.4               bitops_1.0-9             RCurl_1.98-1.16         
 [5] fastmap_1.2.0            GenomicAlignments_1.42.0 promises_1.3.0           XML_3.99-0.17           
 [9] digest_0.6.37            mime_0.12                lifecycle_1.0.4          KEGGREST_1.46.0         
[13] RSQLite_2.3.7            magrittr_2.0.3           compiler_4.4.2           rlang_1.1.4             
[17] sass_0.4.9               tools_4.4.2              utf8_1.2.4               yaml_2.3.10             
[21] rtracklayer_1.66.0       lambda.r_1.2.4           S4Arrays_1.6.0           htmlwidgets_1.6.4       
[25] bit_4.5.0                curl_6.0.1               DelayedArray_0.32.0      pkgload_1.4.0           
[29] abind_1.4-8              BiocParallel_1.40.0      miniUI_0.1.1.1           purrr_1.0.2             
[33] grid_4.4.2               fansi_1.0.6              xtable_1.8-4             rapiclient_0.1.8        
[37] cli_3.6.3                crayon_1.5.3             generics_0.1.3           rstudioapi_0.17.1       
[41] rjson_0.2.23             httr_1.4.7               BiocBaseUtils_1.8.0      DBI_1.2.3               
[45] cachem_1.1.0             zlibbioc_1.52.0          parallel_4.4.2           AnnotationDbi_1.68.0    
[49] restfulr_0.0.15          formatR_1.14             vctrs_0.6.5              Matrix_1.7-1            
[53] jsonlite_1.8.9           bit64_4.5.2              GenomicFeatures_1.58.0   crosstalk_1.2.1         
[57] tidyr_1.3.1              jquerylib_0.1.4          glue_1.8.0               codetools_0.2-20        
[61] futile.logger_1.4.3      later_1.3.2              BiocIO_1.16.0            UCSC.utils_1.2.0        
[65] tibble_3.2.1             pillar_1.9.0             rappdirs_0.3.3           htmltools_0.5.8.1       
[69] BSgenome_1.74.0          GenomeInfoDbData_1.2.13  R6_2.5.1                 httr2_1.0.5             
[73] shiny_1.9.1              lattice_0.22-6           futile.options_1.0.1     png_0.1-8               
[77] memoise_2.0.1            httpuv_1.6.15            bslib_0.8.0              Rcpp_1.0.13-1           
[81] SparseArray_1.6.0        pkgconfig_2.0.3  
Lenguaje dominante
R
Estrellas
32
Forks
21
Métricas de merge de PR
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

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