possible problem parsing INFO description field
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- r
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Reproduce el problema con el registro INFO mostrado en el informe e inspecciona el valor analizado en vh@header@listData$INFO$Description[93]. Rastrea cómo se analiza el campo Description del encabezado, centrándote en el signo igual dentro del texto entre comillas. Se considera completado cuando se conserva la Description completa, incluido el texto de versión después del signo igual.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
An INFO record like
##INFO=<ID=VRS_Allele_IDs,Number=R,Type=String,Description="The computed identifiers for the GA4GH VRS Alleles corresponding to the GT indexes of the REF and ALT alleles [VRS version=2.0.1;VRS-Python version=2.1.1]">
is processed to
> vh@header@listData$INFO$Description[93]
[1] "The computed identifiers for the GA4GH VRS Alleles corresponding to the GT indexes of the REF and ALT alleles [VRS version"
Something about the equals sign causes truncation of string?
sessionInfo()
R version 4.4.2 (2024-10-31)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu
Running under: Ubuntu 24.04.1 LTS
Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libopenblasp-r0.3.26.so; LAPACK version 3.12.0
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8
[4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8 LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
[10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
time zone: Etc/UTC
tzcode source: system (glibc)
attached base packages:
[1] stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] VariantAnnotation_1.52.0 Rsamtools_2.22.0 Biostrings_2.74.0
[4] XVector_0.46.0 SummarizedExperiment_1.36.0 Biobase_2.66.0
[7] GenomicRanges_1.58.0 GenomeInfoDb_1.42.1 IRanges_2.40.1
[10] S4Vectors_0.44.0 MatrixGenerics_1.18.0 matrixStats_1.4.1
[13] BiocGenerics_0.52.0 DT_0.33 AnVILGCP_1.0.0
[16] AnVIL_1.18.5 AnVILBase_1.0.0 dplyr_1.1.4
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tidyselect_1.2.1 blob_1.2.4 bitops_1.0-9 RCurl_1.98-1.16
[5] fastmap_1.2.0 GenomicAlignments_1.42.0 promises_1.3.0 XML_3.99-0.17
[9] digest_0.6.37 mime_0.12 lifecycle_1.0.4 KEGGREST_1.46.0
[13] RSQLite_2.3.7 magrittr_2.0.3 compiler_4.4.2 rlang_1.1.4
[17] sass_0.4.9 tools_4.4.2 utf8_1.2.4 yaml_2.3.10
[21] rtracklayer_1.66.0 lambda.r_1.2.4 S4Arrays_1.6.0 htmlwidgets_1.6.4
[25] bit_4.5.0 curl_6.0.1 DelayedArray_0.32.0 pkgload_1.4.0
[29] abind_1.4-8 BiocParallel_1.40.0 miniUI_0.1.1.1 purrr_1.0.2
[33] grid_4.4.2 fansi_1.0.6 xtable_1.8-4 rapiclient_0.1.8
[37] cli_3.6.3 crayon_1.5.3 generics_0.1.3 rstudioapi_0.17.1
[41] rjson_0.2.23 httr_1.4.7 BiocBaseUtils_1.8.0 DBI_1.2.3
[45] cachem_1.1.0 zlibbioc_1.52.0 parallel_4.4.2 AnnotationDbi_1.68.0
[49] restfulr_0.0.15 formatR_1.14 vctrs_0.6.5 Matrix_1.7-1
[53] jsonlite_1.8.9 bit64_4.5.2 GenomicFeatures_1.58.0 crosstalk_1.2.1
[57] tidyr_1.3.1 jquerylib_0.1.4 glue_1.8.0 codetools_0.2-20
[61] futile.logger_1.4.3 later_1.3.2 BiocIO_1.16.0 UCSC.utils_1.2.0
[65] tibble_3.2.1 pillar_1.9.0 rappdirs_0.3.3 htmltools_0.5.8.1
[69] BSgenome_1.74.0 GenomeInfoDbData_1.2.13 R6_2.5.1 httr2_1.0.5
[73] shiny_1.9.1 lattice_0.22-6 futile.options_1.0.1 png_0.1-8
[77] memoise_2.0.1 httpuv_1.6.15 bslib_0.8.0 Rcpp_1.0.13-1
[81] SparseArray_1.6.0 pkgconfig_2.0.3
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 32
- Forks
- 21
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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