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sanger-tol/sequencecomposition

Nextflow DSL2 pipeline to extract statistics from a genome about its sequence composition

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Nextflow
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Gap coordinates report
enhancementgood first issueuser request
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sanger-tol / sequencecomposition · #54 · 04.06.2026 · Nextflow · 2 Sterne

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Centromer finder
good first issuehelp wanted
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sanger-tol / sequencecomposition · #45 · 19.02.2026 · Nextflow · 2 Sterne

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ModDotPlot
good first issuehelp wanteduser request
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sanger-tol / sequencecomposition · #28 · 17.06.2024 · Nextflow · 2 Sterne

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Stop codon frequency track
good first issuehelp wanted
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sanger-tol / sequencecomposition · #26 · 17.06.2024 · Nextflow · 2 Sterne

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DFAM
good first issuehelp wanted
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sanger-tol / sequencecomposition · #25 · 17.06.2024 · Nextflow · 2 Sterne

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LTR retrotransposons from `LTRdigest`
good first issuehelp wanted
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sanger-tol / sequencecomposition · #24 · 02.06.2024 · Nextflow · 2 Sterne

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Inverted repeats from `einverted`
good first issuehelp wanted
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sanger-tol / sequencecomposition · #23 · 02.06.2024 · Nextflow · 2 Sterne

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Telomere finder (Max Brown)
good first issuehelp wanted
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sanger-tol / sequencecomposition · #22 · 02.06.2024 · Nextflow · 2 Sterne

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Red
good first issuehelp wanted
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sanger-tol / sequencecomposition · #19 · 02.06.2024 · Nextflow · 2 Sterne

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LTR retrotransposons from `LTRharvest`
good first issuehelp wanted
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sanger-tol / sequencecomposition · #18 · 02.06.2024 · Nextflow · 2 Sterne

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Tandem repeats from `trf`
good first issuehelp wanted
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sanger-tol / sequencecomposition · #17 · 02.06.2024 · Nextflow · 2 Sterne

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Dustmasker
good first issuehelp wanted
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sanger-tol / sequencecomposition · #16 · 02.06.2024 · Nextflow · 2 Sterne

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stainedglass self-alignment heatmap
help wanteduser request
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sanger-tol / sequencecomposition · #14 · 28.11.2023 · Nextflow · 2 Sterne

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Genome mappability
help wantedquestion
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sanger-tol / sequencecomposition · #30 · 02.05.2022 · Nextflow · 2 Sterne

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Transcript mappability
help wantedquestion
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sanger-tol / sequencecomposition · #31 · 02.05.2022 · Nextflow · 2 Sterne

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