sanger-tol/sequencecomposition

Tandem repeats from `trf`

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#17 geöffnet am 02.06.2024

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Beschreibung

Copy the functionality from the GDA pipeline. Software available at https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF.

Contributor Guide

Research-Richtung
Untersuche den Quellcode der GDA Pipeline, um zu verstehen, wie TRF für Tandem Repeats verwendet wird, und finde dann die entsprechende Prozessstruktur in diesem Repository, um einen ähnlichen Schritt hinzuzufügen. Prüfe, ob TRF bereits in einem Container enthalten ist oder hinzugefügt werden muss.
Tech Stack
shell
Domain
dataanalytics
Issue Type
Funktion
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
3
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-2 Tage
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Meist klar
Voraussetzungen
GitNextflow
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
55