sanger-tol/sequencecomposition

Genome mappability

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#30 geöffnet am 02.05.2022

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Repository-Metriken

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Beschreibung

Description of feature

It is equal to percentage of reads mapped to the genome. Possible software: WGSIM

Contributor Guide

Research-Richtung
Erkunden Sie zunächst die Repository Struktur und die vorhandenen Nextflow Module, um zu verstehen, wie Statistiken derzeit berechnet und gemeldet werden. Identifizieren Sie die Haupt Workflow Datei und wie Prozesse definiert werden. Untersuchen Sie dann, wie Sie einen neuen Prozess für die Mappabilität hinzufügen können. Erwägen Sie die Verwendung von WGSIM, um Reads aus dem Genom zu simulieren, sie wieder auf das Genom zu alignen und den Prozentsatz der gemappten Reads zu berechnen. Prüfen Sie die Container Konfiguration (z. B. Docker oder Conda), um zu sehen, wie externe Tools integriert werden.
Tech Stack
Keine
Domain
data
Issue Type
Funktion
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
3
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-2 Tage
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
GitNextflow
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
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