sanger-tol/sequencecomposition

LTR retrotransposons from `LTRharvest`

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#18 geöffnet am 02.06.2024

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Beschreibung

Copy the functionality from the GDA pipeline.

Contributor Guide

Research-Richtung
Untersuchen Sie die GDA Pipeline (https://github.com/sanger tol/gda), um den Code zu finden, der LTR Retrotransposons verarbeitet, insbesondere Module oder Prozesse, die LTRharvest verwenden. Verstehen Sie, wie die GDA Pipeline diese Funktion integriert und welche Eingaben/Ausgaben erwartet werden. Vergleichen Sie dann mit der Struktur von sequencecomposition, um zu bestimmen, wo und wie ähnliche Funktionen hinzugefügt werden können, wobei Sie den vorhandenen Nextflow Modul und Workflow Mustern folgen.
Tech Stack
groovy
Domain
bioinformatics
Issue Type
Funktion
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
3
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-2 Tage
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Recherche nötig
Voraussetzungen
GitNextflow
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
50