sanger-tol/sequencecomposition

Gap coordinates report

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#54 geöffnet am 04.06.2026

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Beschreibung

Description of feature

Run seqtk gap -l 0 to get a BED file with the gap coordinates. Send the file to bgzip, tabix, etc.

This would be the time we introduce a list of "tools" or "steps" that the user could configure

Contributor Guide

Research-Richtung
Untersuchen Sie den Nextflow Workflow, um zu verstehen, wie Schritte definiert und parametrisiert werden, und entwerfen Sie dann eine konfigurierbare Option, um einen Lücken Koordinatenbericht hinzuzufügen, indem Sie `seqtk gap l 0` ausführen und die Ausgabe mit bgzip und tabix verarbeiten.
Tech Stack
groovyshell
Domain
bioinformatics
Issue Type
Funktion
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
3
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-2 Tage
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Frisch
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
GitNextflow
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
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