sanger-tol/sequencecomposition

Stop codon frequency track

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#26 geöffnet am 17.06.2024

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Beschreibung

Implement this as a follow-up to fasta_windows, which already count the frequencies of every 3-mer.

We may need to add a parameter to the pipeline to select the right codon table (or add a taxon_id parameter ? is it recorded already in the JSON we get from NCBI datasets ?)

Contributor Guide

Research-Richtung
Untersuche das bestehende fasta windows Modul, um zu verstehen, wie 3 mer Häufigkeiten berechnet werden. Bestimme, wo die Stop Codon Frequenzspur hinzugefügt werden soll und wie die Codon Tabelle parametrisiert werden kann. Prüfe, ob das Eingabe JSON von NCBI Datensätzen taxon id enthält, um die richtige Codon Tabelle automatisch auszuwählen.
Tech Stack
groovyshell
Domain
bioinformaticsdata
Issue Type
Funktion
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
2
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-2 Tage
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Meist klar
Voraussetzungen
GitNextflow
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
60