scaled or arcsinh-transformed expression for annotation?
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
Bewertung
- Schwierigkeit
- 5/5
- Geschätzter Aufwand
- Über eine Woche
- Anfängerfreundlichkeit
- 20/100
- Issue-Typ
- Dokumentation
- Klarheit
- Muss geklärt werden
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Bereich
- bioinformatics, data-visualization, documentation
Rechercherichtung
Beginnen Sie mit der Diskussion der Abbildung 6 im Manuskript und den Hinweisen zur Verwendung der Heatmap für die Clusterannotation. Vergleichen Sie die angegebene Verwendung skalierter Expressionswerte mit der Frage zu arcsinh-transformierten Werten; als erledigt würde eine geklärte und dokumentierte Empfehlung gelten, aber im Issue wird keine Implementierungsdatei und kein Test genannt.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
Thank you for developing this excellent tool.
In the manuscript, it suggested to use the heatmap from Figure 6 to annotate clusters, but we have a question regarding the use of scaled expression values (0-1). Since this scaling can artificially inflate low-expression markers, would using arcsinh-transformed values be a more appropriate method for cluster annotation?
- Vorherrschende Sprache
- TypeScript
- Sterne
- 1.4k
- Forks
- 61
- Ø Merge
- 1 T. 15 Std.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 8
Entwicklungsumgebung
Startet den Dev-Container des Projekts im Browser, mit Ihrem eigenen GitHub-Konto.
- Kein Dockerfile und keine Docker-Compose-Datei
- Keine Pull-Request-Vorlage
- Beitragsleitfaden lesen
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
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