scaled or arcsinh-transformed expression for annotation?

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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
20/100
Tipo di issue
Documentazione
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Ambito
bioinformatics, data-visualization, documentation

Direzione di ricerca

Iniziate dalla discussione della Figura 6 nel manoscritto e dalle indicazioni sull’uso della heatmap per l’annotazione dei cluster. Confrontate l’uso dichiarato di valori di espressione scalati con la domanda sui valori trasformati con arcsinh; il lavoro sarebbe considerato completato con una raccomandazione risolta e documentata, ma l’issue non indica alcun file di implementazione né alcun test.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Thank you for developing this excellent tool.

In the manuscript, it suggested to use the heatmap from Figure 6 to annotate clusters, but we have a question regarding the use of scaled expression values (0-1). Since this scaling can artificially inflate low-expression markers, would using arcsinh-transformed values be a more appropriate method for cluster annotation?

Lingua principale
TypeScript
Stelle
1.4k
Fork
61
Merge medio
1g 15h
PR unite (30g)
8

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