scaled or arcsinh-transformed expression for annotation?
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Avaliação
- Dificuldade
- 5/5
- Tempo estimado
- Mais de uma semana
- Facilidade para iniciantes
- 20/100
- Tipo de issue
- Documentação
- Clareza
- Precisa de esclarecimento
- Status de atividade
- Estagnada
- Domínio
- bioinformatics, data-visualization, documentation
Direção de pesquisa
Comece pela discussão da Figure 6 no manuscrito e pelas orientações sobre o uso do heatmap para anotação de clusters. Compare o uso declarado de valores de expressão escalados com a questão sobre valores transformados por arcsinh; o trabalho seria considerado concluído com uma recomendação resolvida e documentada, mas a issue não nomeia nenhum arquivo de implementação nem teste.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
Thank you for developing this excellent tool.
In the manuscript, it suggested to use the heatmap from Figure 6 to annotate clusters, but we have a question regarding the use of scaled expression values (0-1). Since this scaling can artificially inflate low-expression markers, would using arcsinh-transformed values be a more appropriate method for cluster annotation?
- Linguagem predominante
- TypeScript
- Estrelas
- 1.4k
- Forks
- 61
- Merge médio
- 1d 15h
- PRs com merge (30d)
- 8
Preparar o ambiente
Inicia o contêiner de desenvolvimento do projeto no navegador, com a sua própria conta do GitHub.
- Sem Dockerfile nem arquivo Docker Compose
- Sem modelo de pull request
- Ler o guia de contribuição
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
Mais de github/catalyst
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