scaled or arcsinh-transformed expression for annotation?
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評估
- 難度
- 5/5
- 預估耗時
- 一週以上
- 新手友好度
- 20/100
- Issue 類型
- 文件
- 描述清晰度
- 需要釐清
- 活躍度
- 停滯
研究方向
從手稿中對 Figure 6 的討論以及關於使用 heatmap 進行 cluster annotation 的指引開始。比較其中所述的 scaled expression values 用法與關於 arcsinh-transformed values 的問題；完成的標準應是一項已解決並記錄在案的建議，但該 issue 沒有指出任何實作檔案或測試。
由索引模型根據 Issue 內容生成。
描述
Thank you for developing this excellent tool.
In the manuscript, it suggested to use the heatmap from Figure 6 to annotate clusters, but we have a question regarding the use of scaled expression values (0-1). Since this scaling can artificially inflate low-expression markers, would using arcsinh-transformed values be a more appropriate method for cluster annotation?
- 主要語言
- TypeScript
- 星號
- 1.4k
- 分支
- 61
- 平均合併
- 1 天 15 小時
- 30 天內合併 PR
- 8
環境準備
在瀏覽器裡用你自己的 GitHub 帳號啟動這個專案的開發容器。
- 沒有 Dockerfile 或 Docker Compose 檔案
- 沒有 Pull Request 範本
- 閱讀貢獻指南
從這裡開始
- 先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
- 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
- Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
- 送出 Pull Request，並在描述裡引用這個 Issue 編號。
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