scaled or arcsinh-transformed expression for annotation?
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評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 20/100
- issue の種類
- ドキュメント
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
調査の方向性
manuscript の Figure 6 に関する議論と、cluster annotation のための heatmap の指針から始めてください。記載されている scaled expression values の使用と、arcsinh-transformed values に関する問いを比較してください。完了条件は、解決済みで文書化された推奨事項となりますが、この issue では実装ファイルもテストも指定されていません。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Thank you for developing this excellent tool.
In the manuscript, it suggested to use the heatmap from Figure 6 to annotate clusters, but we have a question regarding the use of scaled expression values (0-1). Since this scaling can artificially inflate low-expression markers, would using arcsinh-transformed values be a more appropriate method for cluster annotation?
- 主要言語
- TypeScript
- スター
- 1.4k
- フォーク
- 61
- 平均マージ
- 1日 15時間
- マージ済み PR（30日）
- 8
環境構築
このプロジェクトの開発コンテナを、あなたの GitHub アカウントでブラウザ上に起動します。
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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