scaled or arcsinh-transformed expression for annotation?
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评估
- 难度
- 5/5
- 预计耗时
- 一周以上
- 新手友好度
- 20/100
- Issue 类型
- 文档
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
调研方向
从手稿中对 Figure 6 的讨论以及关于使用 heatmap 进行 cluster annotation 的指导开始。比较其中所述的 scaled expression values 用法与关于 arcsinh-transformed values 的问题；完成的标准应是一项已解决并记录在案的建议，但该 issue 没有指出任何实现文件或测试。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Thank you for developing this excellent tool.
In the manuscript, it suggested to use the heatmap from Figure 6 to annotate clusters, but we have a question regarding the use of scaled expression values (0-1). Since this scaling can artificially inflate low-expression markers, would using arcsinh-transformed values be a more appropriate method for cluster annotation?
- 主要语言
- TypeScript
- 星标
- 1.4k
- 派生
- 61
- 平均合并
- 1 天 15 小时
- 30 天内合并 PR
- 8
环境准备
在浏览器里用你自己的 GitHub 账号启动这个项目的开发容器。
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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