scaled or arcsinh-transformed expression for annotation?
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 20/100
- Tipo de issue
- Documentación
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
Línea de trabajo
Comience con la discusión de la Figura 6 del manuscrito y las indicaciones sobre el uso del mapa de calor para la anotación de clústeres. Compare el uso indicado de valores de expresión escalados con la pregunta sobre valores transformados con arcsinh; se consideraría completado con una recomendación resuelta y documentada, pero el issue no menciona ningún archivo de implementación ni ninguna prueba.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Thank you for developing this excellent tool.
In the manuscript, it suggested to use the heatmap from Figure 6 to annotate clusters, but we have a question regarding the use of scaled expression values (0-1). Since this scaling can artificially inflate low-expression markers, would using arcsinh-transformed values be a more appropriate method for cluster annotation?
- Lenguaje dominante
- TypeScript
- Estrellas
- 1.4k
- Forks
- 61
- Merge medio
- 1 d 15 h
- PR fusionados (30 d)
- 8
Preparar el entorno
Inicia el contenedor de desarrollo del proyecto en tu navegador, con tu propia cuenta de GitHub.
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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