scaled or arcsinh-transformed expression for annotation?
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Évaluation
- Difficulté
- 5/5
- Temps estimé
- Plus d'une semaine
- Accessibilité débutants
- 20/100
- Type d'issue
- Documentation
- Clarté
- À clarifier
- Activité
- À l'abandon
- Domaine
- bioinformatics, data-visualization, documentation
Piste de recherche
Commencez par la discussion de la Figure 6 dans le manuscrit et les indications concernant l’utilisation de la heatmap pour l’annotation des clusters. Comparez l’utilisation indiquée des valeurs d’expression mises à l’échelle avec la question concernant les valeurs transformées par arcsinh ; le travail serait considéré comme terminé avec une recommandation résolue et documentée, mais l’issue ne nomme aucun fichier d’implémentation ni aucun test.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
Thank you for developing this excellent tool.
In the manuscript, it suggested to use the heatmap from Figure 6 to annotate clusters, but we have a question regarding the use of scaled expression values (0-1). Since this scaling can artificially inflate low-expression markers, would using arcsinh-transformed values be a more appropriate method for cluster annotation?
- Langage dominant
- TypeScript
- Étoiles
- 1.4k
- Forks
- 61
- Merge moyen
- 1 j 15 h
- PR mergées (30 j)
- 8
Préparer son environnement
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