Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

expand Error data is NULL

Đang mở
#72 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
bioinformatics

Hướng nghiên cứu

Tái hiện lỗi bằng cách đọc af-only-gnomad.hg38.vcf.gz với readVcf và gọi expand, sau đó lần theo traceback qua .expandGeno và .expandAD. Issue được giải quyết khi tệp gnomAD này được mở rộng mà không gặp lỗi NULL-data, trong khi ví dụ của package vẫn tiếp tục hoạt động.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

It doesn't happen with the package's example file but does with Genome Analysis ToolKit's gnomAD allele frequency file.

populationFreq <- readVcf("af-only-gnomad.hg38.vcf.gz")
expand(populationFreq)
  Error in array(vec, c(idxlen, xcols, 2L)) : 
  'data' must be of a vector type, was 'NULL'
> traceback()
6: array(vec, c(idxlen, xcols, 2L))
5: .expandAD(gvarR, length(idx), ncol(x))
4: .expandGeno(x, hdr, elt, idx)
Ngôn ngữ chính
R
Star
32
Fork
21
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/VariantAnnotation

Tất cả issue của Bioconductor/VariantAnnotation

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.