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expand Error data is NULL

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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r
Área
bioinformatics

Línea de trabajo

Reproduce el fallo leyendo af-only-gnomad.hg38.vcf.gz con readVcf y llamando a expand; después, sigue el traceback a través de .expandGeno y .expandAD. El issue está resuelto cuando este archivo de gnomAD se expande sin el error NULL-data mientras el ejemplo del paquete sigue funcionando.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

It doesn't happen with the package's example file but does with Genome Analysis ToolKit's gnomAD allele frequency file.

populationFreq <- readVcf("af-only-gnomad.hg38.vcf.gz")
expand(populationFreq)
  Error in array(vec, c(idxlen, xcols, 2L)) : 
  'data' must be of a vector type, was 'NULL'
> traceback()
6: array(vec, c(idxlen, xcols, 2L))
5: .expandAD(gvarR, length(idx), ncol(x))
4: .expandGeno(x, hdr, elt, idx)
Lenguaje dominante
R
Estrellas
32
Forks
21
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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