Hacktoberfest 2026: los issues que los mantenedores marcaron para octubre, abiertos y aptos para principiantes. Explorar issues de Hacktoberfest

predictcoding - multiple mutations at a codon are never evaluated additively

Abierto
#46 1 comentario 0 reacciones 0 asignados Ver en GitHub

Nadie ha tomado este issue todavía.

Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r
Área
bioinformatics

Línea de trabajo

Comienza con el punto de entrada predictcoding() y reproduce el caso de secuencia de HIV informado usando tres SNPs en posiciones consecutivas dentro de un codón. Rastrea cómo se evalúan REFAA y VARAA para ese codón, luego añade cobertura para la advertencia solicitada y verifica que la advertencia aparezca cuando las mutaciones no se evalúan de forma aditiva.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

I have HIV sequence data, where for three consecutive positions I have SNPS. These three all code for SNPS in the same codon.
predictcoding() returns the independently evaluated REFAA and VARAA, fine its expected behaviour. But a warning that "hey these variant amino acid mutations aren't true" would be nice!

image

Lenguaje dominante
R
Estrellas
32
Forks
21
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Más de Bioconductor/VariantAnnotation

Todos los issues de Bioconductor/VariantAnnotation

Issues similares

Más issues de R

Recibe los nuevos issues en tu correo

Un resumen breve de issues de GitHub para principiantes.