predictcoding - multiple mutations at a codon are never evaluated additively
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- r
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu với điểm vào predictcoding() và tái hiện trường hợp chuỗi HIV đã được báo cáo bằng cách sử dụng ba SNP ở các vị trí liên tiếp trong một codon. Theo dõi cách REFAA và VARAA được đánh giá cho codon đó, sau đó bổ sung coverage cho cảnh báo được yêu cầu và xác minh rằng cảnh báo xuất hiện khi các đột biến không được đánh giá theo cách cộng dồn.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
I have HIV sequence data, where for three consecutive positions I have SNPS. These three all code for SNPS in the same codon.
predictcoding() returns the independently evaluated REFAA and VARAA, fine its expected behaviour. But a warning that "hey these variant amino acid mutations aren't true" would be nice!
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 32
- Fork
- 21
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của Bioconductor/VariantAnnotation
-
refactor the package Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 bình luận ·
-
Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 reaction · 2 người được giao ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
Bioconductor/VariantAnnotation#113 · 2 bình luận ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
-
ensemblVEP::parseCSQToGRanges Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
Bioconductor/VariantAnnotation#88 · 2 bình luận ·
Tất cả issue của Bioconductor/VariantAnnotation
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
robjhyndman/forecast#1220 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100
JamesHWade/deputy#192 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
bug triage_needed
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
pharmaverse/rtables#1123 · 1 bình luận · 1 reaction ·