Import Error for bcftools Compressed Files
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- r
調査の方向性
bcftools で -O z を使用して圧縮した VCF でインポート失敗を再現し、その後、R の bgzip 関数を通して同じファイルを展開して再圧縮したものと比較します。まず、VariantAnnotation の VCF インポートパスと、scanBcfHeader(bf) および _hts_rewind() 周辺の処理を特定します。bcftools で圧縮したファイルが、再圧縮の回避策なしで正常にインポートできれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
VCF files that are filtered using bcftools and have their data compressed by specifying -O z as part of the command can't be imported into R because of the error "scanBcfHeader(bf) : [internal] _hts_rewind() failed". Decompressing the file and re-compressing it using the R function bgzip enables it to be successfully imported, but it seems an inefficient workaround and it's unclear why it's required. This issue has been reported for an older version of VariantAnnotation #22
- 主要言語
- R
- スター
- 32
- フォーク
- 21
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
コントリビューションガイド
このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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